一張圖也可以發(fā)5分的文章！

發(fā)稿時間：2016-07-28來源：天昊生物

為了表明小編不是標(biāo)題黨，我們先來看這篇2015年5月發(fā)表在Translational Stroke Research上的文章所有的數(shù)據(jù)：

沒錯，不要懷疑你的眼睛，你沒有看錯！除了一張臨床病人樣本選取的表格以外，只有一張圖！只有一張圖哦！哎呦，不錯呦……

不過，小編還是承認(rèn)，小編是標(biāo)題黨……因為這篇文章只有4.503分，差一點沒有到5分……

下面小編就和各位老師一起分析一下為什么如此簡單的實驗數(shù)據(jù)能發(fā)表還不錯的文章。

 

背景：

臨床上對于腦溢血（intracerebral hemorrhage，ICH）和缺血性卒中（ischemic stroke，IS）的病人，當(dāng)病人情況比較危急無法進行影像學(xué)檢查時，是很難進行區(qū)分的。因此，準(zhǔn)確、便宜、快速的血檢是對于臨床檢測的有效補充。

已有文章報道了卒中病人血液轉(zhuǎn)錄組表達量的變化可以作為臨床檢測的biomarker，并進一步闡述了卒中病人血液轉(zhuǎn)錄組調(diào)節(jié)免疫應(yīng)答的機制，但不同剪切本在卒中病人中的情況并不清楚。

 

材料與方法：

材料：為了更精準(zhǔn)的實驗設(shè)計，本文只選取了白人男性。心源性腦卒中（Cardioembolic IS）、大血管卒中（large vessel）、腔隙性卒中（lacunar）、腦溢血（ICH）病人及正常人對照組各4例，共20例。（上文結(jié)果中的Table所示）

方法：轉(zhuǎn)錄組測序，只關(guān)注不同剪切本。

 

結(jié)果：

1、412個基因在五組病人/對照組全血樣品轉(zhuǎn)錄組中存在不同的剪切本（differential alternative splicing，DAS），這些基因參與了細(xì)胞免疫、細(xì)胞因子、細(xì)胞死亡、存活等信號通路。

2、由于不同剪切本主要是在剪切過程中選擇不同外顯子造成的，進一步分析發(fā)現(xiàn)，292個基因的308個外顯子在五組病人/對照組中的表達量存在差異。

3、根據(jù)不同外顯子的表達情況，可將五組病人/對照組劃分開：（如上文結(jié)果中圖所示）

心源性腦卒中（Cardioembolic IS）相關(guān)剪切本集中在離子結(jié)合/轉(zhuǎn)運和細(xì)胞結(jié)構(gòu)通路中；

大血管卒中（large vessel）相關(guān)剪切本集中在細(xì)胞死亡、轉(zhuǎn)錄、核染色質(zhì)重塑通路中；

腔隙性卒中（lacunar）相關(guān)剪切本集中在細(xì)胞應(yīng)激、循環(huán)、死亡、生存通路中；

腦溢血（ICH）病人相關(guān)剪切本集中在蛋白轉(zhuǎn)運和定位通路中。

 

研究思路擴展：

1、卒中病人的三種不同亞型研究，其實可類推之其它任意疾病的不同臨床表現(xiàn)，如同一癌種的不同亞型。

2、本文能發(fā)表高分文章的主要原因是臨床意義，在急性病人無法影像學(xué)檢測的情況下，可以使用血檢來進行輔助診斷。也就是說無論各位老師要開展什么樣的臨床病人科研項目，必須是臨床有表型差異的病人，做出結(jié)果后，也要回歸臨床，解釋臨床問題。

3、本文只是關(guān)注了不同剪切本的表達差異，但轉(zhuǎn)錄組測序在檢測mRNA表達量的同時，可進一步挖掘可變剪切（如新轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)、低豐度轉(zhuǎn)錄本檢測、新的剪切方式等）、融合基因、外顯子區(qū)域的突變（SNV）等信息，為各位老師的科研提供更多可挖掘的數(shù)據(jù)和創(chuàng)新點，也就是說一次轉(zhuǎn)錄組測序可以分開發(fā)表若干篇文章！

4、轉(zhuǎn)錄組測序在檢測mRNA表達量的同時，也檢測到了發(fā)揮調(diào)節(jié)作用的ceRNA（lncRNA、circRNA），再加上miRNA測序，就能進一步挖掘調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，通過幾個簡單的細(xì)胞實驗，闡明mRNA表達量改變的機理，那么文章的影響因子自然就會更上一層樓!

 

參考文獻：

Dykstra-Aiello C, Jickling G C, Ander B P, et al. Intracerebral hemorrhage and ischemic stroke of different etiologies have distinct alternatively spliced mRNA profiles in the blood: a pilot RNA-Seq study[J]. Translational stroke research, 2015, 6(4): 284-289.