【昊文章】天昊WES測序技術(shù)助力客戶最新急性呼吸窘迫綜合癥成果見刊《Ann Transl Med》

發(fā)稿時間：2021-08-19來源：天昊生物

近日，東南大學(xué)附屬中大醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科邱海波主任團(tuán)隊(duì)基于WES測序平臺數(shù)據(jù)的全外顯子組關(guān)聯(lián)研究成果發(fā)現(xiàn)，急性呼吸窘迫綜合征臨床結(jié)局與亞型均與基因組遺傳變異相關(guān)。該文章近期發(fā)表于期刊《Ann Transl Med》上。天昊生物有幸承擔(dān)了全外顯子測序與相關(guān)數(shù)據(jù)分析工作。

英文題目：Nucleotide polymorphism in ARDS outcome: a whole exomesequencing association study

中文題目：核苷酸多態(tài)性與ARDS結(jié)局的相關(guān)性：一項(xiàng)全外顯子組測序關(guān)聯(lián)研究

IF: 3.297

發(fā)表單位：東南大學(xué)附屬中大醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科

●急性呼吸窘迫綜合征（ARDS）的特點(diǎn)是肺血管通透性增加，肺組織通氣性降低。入院后患者死亡率高達(dá)35-46%，目前提高ARDS生存率的治療策略仍然有限。●單核苷酸多態(tài)性和基因組突變情況與中國人ARDS臨床結(jié)局的關(guān)系尚不清楚。

這是一項(xiàng)單中心、前瞻性的觀察性試驗(yàn)，招募了105例成年ARDS患者。在采集基線數(shù)據(jù)后，抽取血液樣本進(jìn)行全外顯子組測序，探究單核苷酸多態(tài)性（SNP）/插入-刪除與ICU結(jié)局、臨床亞型之間的關(guān)系。肺損傷負(fù)擔(dān)（LIB），被定義為每兆字節(jié)DNA的非同義SNP數(shù)量的比率，被用來評估其在預(yù)測ARDS方面的價值。

●人群基本信息：共有105名ARDS患者參加了研究，包括70名存活者和35名非存活者。

●通過全外顯子組測序，SNP/InDel的數(shù)量為 471,131個。其中，120,830個SNP/InDel在外顯子區(qū)。非同義SNV的數(shù)量為 65,542個。GO分析顯示，52個功能與ARDS的發(fā)展相關(guān)聯(lián) (P<0.01)，而KEGG富集分析顯示，這些SNP/InDel富集在10條通路中，如cGMP-PKG信號通路、血小板激活通路（P<0.05）。

●不同結(jié)局ARDS患者之間的SNP/InDel數(shù)據(jù)：存活者的LIB明顯高于非幸存者 [1,892（1,848-1,942）/MB vs 1,864（1,829-1,910）/MB，P=0.018]。GO分析顯示有60個GO功能與ARDS的結(jié)局相關(guān)，KEGG富集分析顯示相關(guān)SNP/InDels在13個途徑中富集。幾個新的SNPs被發(fā)現(xiàn)可能與ARDS結(jié)局相關(guān)（圖1）。LIB被用來確定其結(jié)局預(yù)測能力，其ROC曲線下的面積僅為0.6103，與APACHEII評分結(jié)合時增加到0.712。

圖1 全基因組關(guān)聯(lián)研究顯示，幾個SNPs可能與ARDS結(jié)局相關(guān)。

●不同亞型的ARDS患者之間的SNP/InDel數(shù)據(jù)：根據(jù)肺部損傷的嚴(yán)重程度將患者分為重度ARDS組和非重度組。與非重度組相比，重度ARDS組的LIB較低，ROC曲線分析顯示LIB的預(yù)測值為0.727（P<0.0001）。GO 分析顯示，25項(xiàng)功能與 ARDS嚴(yán)重程度相關(guān)（P<0.01），KEGG富集分析顯示，這些SNP/InDel富集在4個通路上，如PI3K-Akt信號通路，ECM-受體相互作用通路(P<0.05)。作者進(jìn)一步按照肺部ARDS和 肺外ARDS組，入院時有敗血癥和無敗血癥的ARDS，入院時合并休克的ARDS和沒有休克的ARDS進(jìn)行了亞組關(guān)聯(lián)分析。

遺傳變異與ARDS的臨床結(jié)局和亞型有關(guān)；然而，它們的預(yù)后價值仍需要更大規(guī)模的試驗(yàn)來驗(yàn)證。

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