JID + Clinical Epigenetics|天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測(cè)技術(shù)再發(fā)兩文
發(fā)稿時(shí)間：2017-12-21來(lái)源：天昊生物
這個(gè)圣誕，不要問(wèn)天昊小伙伴想要什么禮物。
因?yàn)?/span>“圣誕老人”已經(jīng)提前來(lái)過(guò)天昊啦！
近日，天昊生物合作客戶--上海復(fù)旦大學(xué)生科院王久存教授課題組有2篇DNA甲基化研究角度的文章分別見(jiàn)刊The Journal of Investigative Dermatology (IF=6.287) 和Clinical Epigenetics（IF=4.98）。天昊生物MethylTarget?目的區(qū)域甲基化檢測(cè)技術(shù)，結(jié)合目的區(qū)域擴(kuò)增和高通量二代測(cè)序平臺(tái)，為這2篇文章提供了精準(zhǔn)的目的基因甲基化水平檢測(cè)和驗(yàn)證結(jié)果（客戶在2種細(xì)胞中的研究結(jié)果表明，450K甲基化檢測(cè)芯片和MethylTarget?技術(shù)檢測(cè)結(jié)果Pearson相關(guān)性高達(dá)86%和90%）。此外，天昊的三位同事還作為文章作者，參與發(fā)表了Clinical Epigenetics雜志的這篇文章哦！
是不是已經(jīng)迫不及待啦？下面就和小編一起來(lái)看個(gè)究竟吧！
文章（一）
文章題目：Genome-wide DNA methylation analysis in systemic sclerosis reveals hypomethylation of interferon-associated genes in CD4+ and CD8+ T cells 全基因組DNA甲基化研究發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)性硬化癥患者CD4+ 和CD8+ T細(xì)胞的干擾素相關(guān)基因表現(xiàn)低甲基化狀態(tài)
發(fā)表時(shí)間：2017-12-05
影響因子：IF=6.287
發(fā)表雜志：The Journal of Investigative Dermatology
研究背景：
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系統(tǒng)性硬化癥（SSc）也稱為硬皮病，是一種基因，表觀遺傳和環(huán)境共同參與并相互作用的多系統(tǒng)自身免疫疾病 。
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參與系統(tǒng)硬化癥的免疫細(xì)胞的整體甲基化狀態(tài)尚無(wú)深入的研究。
研究方法：
研究結(jié)果：
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全基因組甲基化檢測(cè)確定差異甲基化位點(diǎn)后的GO富集分析，發(fā)現(xiàn)干擾素相關(guān)通路基因在2種T細(xì)胞的DMR中都顯著富集。
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目的區(qū)域甲基化技術(shù)檢測(cè)第一階段的部分樣本，表明450K甲基化檢測(cè)芯片和目的區(qū)域甲基化技術(shù)結(jié)果的一致性非常好，Pearson相關(guān)性高達(dá)86%和90%。
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目的區(qū)域甲基化技術(shù)在獨(dú)立擴(kuò)大樣本中驗(yàn)證第一階段獲得的干擾素信號(hào)通路基因（16個(gè)基因；62個(gè)位點(diǎn)），其中5個(gè)基因的差異甲基化得到驗(yàn)證。
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通過(guò)檢測(cè)干擾素信號(hào)通路基因的表達(dá)量，部分基因的表達(dá)量與甲基化程度表現(xiàn)顯著的負(fù)相關(guān)。
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通過(guò)檢測(cè)血液 IFN-a、IFN-b水平，發(fā)現(xiàn)部分干擾素信號(hào)通路基因高表達(dá)與高IFN-a、IFN-b水平相關(guān)。
研究結(jié)論：
文章（二）
文章題目：Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based
biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)
靶向亞硫酸氫鹽測(cè)序鑒定了一組基于基因DNA甲基化程度的食管鱗狀細(xì)胞癌（ESCC）生物標(biāo)志物
發(fā)表時(shí)間：2017-11-29
影響因子：IF=4.98
發(fā)表雜志：Clinical Epigenetics
研究背景：
DNA甲基化已被認(rèn)為是精準(zhǔn)癌癥診斷的一種潛在生物標(biāo)志物。然而，在ESCC中基于DNA甲基化的生物標(biāo)志物研究十分有限。
研究方法：
研究結(jié)果：
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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源的84例 ESCC腫瘤組織和16例癌旁組織甲基化檢測(cè)數(shù)據(jù)作為發(fā)現(xiàn)階段，來(lái)源于GEO的4例ESCC腫瘤組織和8例對(duì)照的甲基化芯片檢測(cè)數(shù)據(jù)作為驗(yàn)證階段，確定了5個(gè)潛在DNA甲基化biomarker--cg15830431 (P = 2.20 × 10-4),
cg19396867 (P = 3.60 × 10-4), cg20655070 (P = 1.71 × 10-3),cg26671652 (P = 5.77 × 10-4), and cg27062795 (P = 3.60 ×10-4)。這5個(gè)區(qū)域在ESCC腫瘤組織中表現(xiàn)高甲基化，且在正常人的外周血單核白細(xì)胞和外周血白細(xì)胞中表現(xiàn)低甲基化。
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依據(jù)這5個(gè)區(qū)域甲基化程度建立的預(yù)測(cè)模型，對(duì)腫瘤和癌旁具有良好的區(qū)分特性（sensitivity = 0.89, specificity = 0.81, AUC = 0.87）
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在本實(shí)驗(yàn)收集的94對(duì)癌和癌旁組織中，采用MethylTarget?目的區(qū)域甲基化檢測(cè)技術(shù)檢測(cè)甲基化程度，進(jìn)一步驗(yàn)證該模型的效力。結(jié)果表明，癌和癌旁的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化率沒(méi)有差異（下圖a），5個(gè)區(qū)域的甲基化差異均得到驗(yàn)證（下圖b-f），且5個(gè)區(qū)域的預(yù)測(cè)模型對(duì)腫瘤和癌旁具有良好的區(qū)分特性（圖g）
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為了進(jìn)一步確定5個(gè)甲基化區(qū)域的診斷效力，研究者采用logistic regression, random forest(RF), supporting vector machine (SVM), neural network(NN), Na?ve Bayes (NB), linear discriminant analysis(LDA), mixture discriminant analysis (MDA), flexible discriminant analysis (FDA)數(shù)種機(jī)器學(xué)習(xí)方法，判斷biomarker的診斷效力。下表結(jié)果，展示了該模型具有較高的敏感性和特異性，并且結(jié)果穩(wěn)定性較佳。
研究結(jié)論：
整合來(lái)自TCGA項(xiàng)目和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的ESCC高通量甲基化數(shù)據(jù)集鑒定出5個(gè)高甲基化的CpG位點(diǎn)，可以作為ESCC診斷的候選生物標(biāo)志物；通過(guò)目標(biāo)亞硫酸氫鹽測(cè)序甲基化檢測(cè)方法，在94對(duì)ESCC樣本中對(duì)5個(gè)標(biāo)志物進(jìn)行驗(yàn)證。cg15830431（STK3），cg19396867，cg20655070，cg26671652（ZNF418）和cg27062795（ZNF542）5個(gè)區(qū)域的甲基化概況可能是用于ESCC診斷的潛在標(biāo)志物。
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