【昊閱讀】NAR又有TCGA數(shù)據(jù)挖掘新文章：探討腫瘤樣本的拷貝數(shù)變異，DNA甲基化和基因表達(dá)的關(guān)系

發(fā)稿時(shí)間：2018-03-16來(lái)源：天昊生物

NAR雜志2月刊上，腫瘤研究者最?lèi)?ài)的癌癥基因組圖譜集（The Cancer Genome Atlas，TCGA）數(shù)據(jù)又有新的數(shù)據(jù)挖掘文章發(fā)表啦！快和小編一起看看這次又是什么“套路”吧！

一張圖快速了解TCGA

文章題目：The association between copy number aberration, DNA methylation and gene expression in tumor samples

中文題目：腫瘤樣本的體細(xì)胞拷貝數(shù)變異，DNA甲基化和基因表達(dá)的相關(guān)性分析

發(fā)表日期： 2018 Feb 26

影響因子：10.162

研究背景

1) 研究目的在于進(jìn)行TCGA開(kāi)放數(shù)據(jù)的深度挖掘。

2) 系統(tǒng)分析6個(gè)癌種的體細(xì)胞拷貝數(shù)變異 (SCNA), DNA甲基化和基因表達(dá)之間的相關(guān)性，包括乳腺癌（BRCA），結(jié)腸癌（COAD），急性髓樣白血?。?/span>LAML），成膠質(zhì)細(xì)胞瘤（GBM），低級(jí)膠質(zhì)瘤（LGG）和前列腺癌（PRAD）。

研究方法

1) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

SCAN數(shù)據(jù)：TCGA data portal level 3（ *.nocnv_hg19.seg.txt文件，此文件版本為hg19且去除了germline的變異信息）。
甲基化數(shù)據(jù)：TCGA data portal level 3，主要來(lái)源于 Illumina 450k array (HM450) 或者Illumina 27k array (HM27)；對(duì)于需要進(jìn)行平臺(tái)合并的樣本，只選擇共有的probe。
表達(dá)量數(shù)據(jù)：成膠質(zhì)細(xì)胞瘤的數(shù)據(jù)來(lái)源于HG133 array，其它來(lái)源于RNAseqV2技術(shù)。

2) 樣本篩選

因?yàn)?/span>TCGA沒(méi)有提供人群信息，本研究基于基因型的主成分分析方法，主要篩選歐洲人群。

研究結(jié)果

（以乳腺癌為主要展示結(jié)果，其它作者放在補(bǔ)充材料進(jìn)行展示）

1) SCNA 與基因表達(dá)或者DNA甲基化的關(guān)系

a) SCNA主要影響臨近基因組區(qū)域的表達(dá)或者甲基化，且SCNA與表達(dá)多正相關(guān)，而與甲基化可以正相關(guān)也可以負(fù)相關(guān)。

b) 研究者注意到數(shù)據(jù)分析時(shí)，協(xié)變量的控制很關(guān)鍵（batch效應(yīng)，腫瘤亞型和腫瘤純度等）。

c) 基于SCNA與甲基化的相關(guān)性分析，發(fā)現(xiàn)16號(hào)染色體有個(gè)高度集中相關(guān)區(qū)域。可能因?yàn)檫@個(gè)區(qū)域CTCF基因的拷貝數(shù)變化。CTCF為重要的表觀調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子，因此這個(gè)區(qū)域的拷貝數(shù)和甲基化程度緊密相關(guān)（下圖）