【科研小助手】“iSeq”--不只是illumina最新測(cè)序平臺(tái)，還可以是RNA-seq在線分析平臺(tái)

發(fā)稿時(shí)間：2018-03-19來(lái)源：天昊生物

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序( RNA-seq )已成為單堿基分辨率基因組特性和轉(zhuǎn)錄本定量分析的標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)方法。然而，大量測(cè)序數(shù)據(jù)的后續(xù)分析對(duì)于傳統(tǒng)生化實(shí)驗(yàn)室研究人員（wet-lab researchers）來(lái)說(shuō)可是一項(xiàng)令人望而卻步的工作，迫切需要一個(gè)功能集成和用戶友好的平臺(tái)來(lái)滿足這一需求。北京大學(xué)李程課題組2018年最新發(fā)表的文獻(xiàn)，報(bào)道了一個(gè)基于R語(yǔ)言的網(wǎng)絡(luò)在線平臺(tái)iSeq，用于RNA-seq序列數(shù)據(jù)分析和可視化。

iSeq在線工具網(wǎng)址：http://202.205.131.33:3838/iSeq/

首頁(yè)展示：

iSeq是一個(gè)利用R語(yǔ)言的Shiny框架搭建的網(wǎng)頁(yè)應(yīng)用平臺(tái)，具有簡(jiǎn)單的用戶界面和多個(gè)數(shù)據(jù)分析模塊。沒(méi)有編程和統(tǒng)計(jì)技能的用戶也可以分析其RNA-seq數(shù)據(jù)，并可以繪制出較高質(zhì)量的圖表。iSeq可通過(guò)任何操作系統(tǒng)上的網(wǎng)頁(yè)瀏覽器進(jìn)行訪問(wèn)。

iSeq工作流程圖：

iSeq數(shù)據(jù)輸入格式：

數(shù)據(jù)來(lái)源：http://202.205.131.32:3838/NAT.Condition.csv

分析圖表舉例：

iSeq網(wǎng)站接受上傳的Excel數(shù)據(jù)，幾步式操作非常簡(jiǎn)單易學(xué)，提供RNA-seq檢測(cè)最常用的基因表達(dá)差異表、火山圖、聚類圖、PCA圖以及GO注釋等分析結(jié)果。網(wǎng)站處理速度較快，適合初級(jí)用戶RNA-seq數(shù)據(jù)個(gè)性化調(diào)整與分析。

小小的不足可能是目前在GO分析時(shí)，只提供人和小鼠物種選項(xiàng)，在KEGG富集、Venn圖等分析時(shí)，仍需要借助第三方網(wǎng)站工具支持，并且無(wú)法完成如“融合基因鑒定”、“可變剪切分析”、“新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)”等高級(jí)生信分析。

天昊生物具有多年RNA-seq檢測(cè)與分析經(jīng)驗(yàn)，可以為用戶提供多物種、全方位、一站式轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析專業(yè)服務(wù)。

天昊生物RNA-seq數(shù)據(jù)分析流程圖：

生物信息分析內(nèi)容：

1、基本分析：

• 原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估
• 參考基因組注釋信息整理
• 比對(duì)到參考基因組及結(jié)果評(píng)估
• mRNA表達(dá)定量分析
• mRNA差異表達(dá)分析
• 差異表達(dá)基因 GO和KEGG富集分析

2、高級(jí)分析：

• 可變剪切分析 
• 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)
• 融合基因分析
• SNV/InDel分析

3、個(gè)性化分析：

……

趕快來(lái)吧，期待成為您轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析的優(yōu)質(zhì)服務(wù)提供商！