干貨請(qǐng)收藏！ TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)大匯總

發(fā)稿時(shí)間：2018-04-03來(lái)源：天昊生物

干貨請(qǐng)收藏！ TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)大匯總

 

一：簡(jiǎn)介

由美國(guó)政府發(fā)起的癌癥和腫瘤基因圖譜（Cancer Genome Atlas，TCGA）計(jì)劃于2006年聯(lián)合啟動(dòng)，目前已經(jīng)收錄了來(lái)自1萬(wàn)多例病人的33種癌癥的數(shù)據(jù)，2.5PB的數(shù)據(jù)量。

二：數(shù)據(jù)內(nèi)容和等級(jí)

TCGA收錄的數(shù)據(jù)主要包括：

Clinical Data

Images

Microsatellite Instability (MSI)

DNA Sequencing

miRNA Sequencing

Protein Expression

mRNA Sequencing

Total RNA Sequencing

Array-based Expression

DNA Methylation

Copy Number

這些數(shù)據(jù)可分為三個(gè)級(jí)別：1) level-1: 原始的測(cè)序數(shù)據(jù)（fasta,fastq格式等較為原始和粗糙的數(shù)據(jù)）;2) level-2:比對(duì)好的bam文件;3) level-3:經(jīng)過(guò)處理及標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)。其中level1/2為controlled-access，level-3有部分是controlled-access，這一類型的需要向TCGA申請(qǐng)使用權(quán)限,而大部分普通用戶只能訪問(wèn)Level3的部分處理及標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)。詳細(xì)的數(shù)據(jù)類型與其等級(jí)請(qǐng)查看頁(yè)面：

https://cancergenome.nih.gov/abouttcga/aboutdata/datalevelstypes

三：  數(shù)據(jù)下載

· 推薦：TCGA官網(wǎng)的data-portal portal.gdc.cancer.gov。

· 推薦：Firehose服務(wù)器：gdac.broadinstitute.org。平臺(tái)對(duì)TCGA的數(shù)據(jù)進(jìn)行了整理并提供便捷的下載，但需要注意的是Firehose 收錄的數(shù)據(jù)并不是TCGA實(shí)時(shí)更新的數(shù)據(jù)。下載的數(shù)據(jù)適合后期的R語(yǔ)言處理分析。

四 ：即搜即用的TCGA數(shù)據(jù)挖掘網(wǎng)站

l UALCAN轉(zhuǎn)錄組與生存數(shù)據(jù)庫(kù)

http://ualcan.path.uab.edu/index.html

 

UALCAN是用于分析癌癥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的界面友好型在線工具。UALCAN旨在：

a）輕松獲取公開(kāi)的癌癥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（TCGA轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)），

b）允許用戶用TCGA數(shù)據(jù)挖掘生物標(biāo)志物或?qū)Ω信d趣的潛在基因進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)驗(yàn)證，

c）提供達(dá)到文章發(fā)表級(jí)別的基因表達(dá)和基于基因表達(dá)的患者生存分析圖，

d）評(píng)估乳腺和前列腺癌分子亞型中的基因表達(dá)，

e）鏈接HPRD，GeneCards，Pubmed，TargetScan和人蛋白質(zhì)圖譜等數(shù)據(jù)庫(kù)，快速提供關(guān)于所選基因的附加信息。

 

 

 

l MethHC甲基化與表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)

http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

 

 

 

l MEXPRESS甲基化與表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)

http://mexpress.be/

 

 

 

 

l OncoLnc生存分析數(shù)據(jù)庫(kù)

http://www.oncolnc.org/

 

整合了TCGA中的DNA甲基化，表達(dá)量及臨床數(shù)據(jù)，主要用來(lái)探索甲基化，基因表達(dá)和臨床表型之間的關(guān)聯(lián)

 

 

l cBioPortal

http://www.cbioportal.org/index.do

整合和簡(jiǎn)化了包括TCGA，ICGC以及GEO等多個(gè)癌癥基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容，可供下載。主要展示不同癌組織中基因的體細(xì)胞突變譜，拷貝數(shù)變異，mRNA，miRNA表達(dá)量變化，DNA甲基化變化以及蛋白質(zhì)表達(dá)變化的情況，并結(jié)合患者的臨床資料，繪制KM生存曲線。

 

l TANRIC：基于TCGA數(shù)據(jù)的lncRNA專用分析數(shù)據(jù)庫(kù)

http://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html

 

收集20種癌癥的大量患者隊(duì)列的lncRNAs表達(dá)譜數(shù)據(jù)，包括TCGA和多個(gè)獨(dú)立數(shù)據(jù)集（總共> 8000個(gè)樣品）。TANRIC可快速且直觀地在腫瘤類型內(nèi)或跨腫瘤類型中分析研究者感興趣的lncRNAs（已注釋的lncRNAs或任何用戶定義的lncRNAs）和其他分子數(shù)據(jù)。該工具有利于快速檢測(cè)具有潛在生物醫(yī)學(xué)標(biāo)記功能的lncRNAs。

 

l GEPIA：強(qiáng)大的綜合分析能力

http://gepia.cancer-pku.cn