SSR近期研究進(jìn)展速覽(三)

發(fā)稿時間：2018-04-11來源：天昊生物

1、青藏高原螺旋灌木:高山繡線菊和蒙古繡線菊(薔薇科)的多位點系統(tǒng)地理學(xué)和古地理重建

 

發(fā)表雜志：Mol Phylogenet Evol.   發(fā)表時間：2018-2-17     影響因子：3.96

山區(qū)生物多樣性豐富的一個常見假設(shè)是隆起驅(qū)動的多樣化。本文采用多位點分析方法，研究了青藏高原(QTP)隆升和區(qū)域氣候波動對高山繡線菊和蒙古繡線菊兩種姊妹灌木遺傳多樣性的影響。結(jié)合古地理重建模型，研究了不同氣候事件下該物種目前和過去的預(yù)測分布。研究表明，末次冰期間冰期持續(xù)的后退和擴(kuò)張脈沖，加上QTP的升高，決定了這些物種的分布。所有群體均表現(xiàn)出高水平的遺傳多樣性?；?/span>cpDNA標(biāo)記的種群內(nèi)平均基因多樣性，高山繡線菊為0.383±0.052，蒙古繡線菊為0.477±0.048。對高山繡線菊和蒙古繡線菊基于SSR進(jìn)行的觀察和期望雜合度分析分別為He ( 0.72 - 0.90 ) / Ho ( 0.35 - 0.78 )和He ( 0.77 - 0.92 ) / Ho ( 0.47 - 0.77 )。古分布重建表明，物種偏好于末次冰期高原東南緣、QTP高海拔區(qū)和間冰期高原中部?；诤?/span>SSR標(biāo)記的遺傳類群結(jié)構(gòu)分析、主成分分析和遷移分析均不支持兩種物種間基因流動的假設(shè)。然而，基于cpDNA的最大似然方法顯示兩種物種之間具有相同單倍型。

2、系統(tǒng)地理學(xué)和種群遺傳學(xué)分析揭示了印度塊菌復(fù)合體的形態(tài)

 

發(fā)表雜志：Fungal Genet Biol.   發(fā)表時間：2018-2-12     影響因子：3.05

印度塊菌是一種外生菌根子囊菌，產(chǎn)生可食子囊果。根據(jù)已知確切來源的標(biāo)本，對西南地區(qū)印度塊菌復(fù)合體的形態(tài)進(jìn)行了研究。本研究采用內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)( ITS )和簡單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記。將系統(tǒng)地理學(xué)和群體遺傳學(xué)分析相結(jié)合，檢測了31個印度塊菌的野生群體。Tuber cf. indicum和Tuber cf. himalayense是印度塊菌復(fù)合體中兩個明顯的譜系，具有明顯的系統(tǒng)地理學(xué)結(jié)構(gòu)和遺傳分化。沿江分布的單倍型特征表明，河流擴(kuò)張影響了物種的擴(kuò)散和現(xiàn)代分布格局，這些發(fā)現(xiàn)對于保護(hù)該地區(qū)塊菌的多樣性至關(guān)重要。

 

3、玉米粗縮病顯性抗性位點的鑒定

 

發(fā)表雜志：Sci Rep.   發(fā)表時間：2018-2-17     影響因子：3.96

玉米粗縮病( MRDD )是世界范圍內(nèi)發(fā)生的一種嚴(yán)重的玉米病毒病，尤其是在我國夏玉米產(chǎn)區(qū)，嚴(yán)重影響了玉米的產(chǎn)量和品質(zhì)?？刂?/span>MRDD的有效方法是利用抗性基因來改善易感基因型。本研究利用來自易感品系S221和抗性品系K36之間的雜交的玉米F2群體對含有抗性和敏感F2個體的兩個DNA庫進(jìn)行深度測序，并且使用傳統(tǒng)的連鎖分析來定位抗性相關(guān)基因組區(qū)域。結(jié)果表明，K36的MRDD抗性受單個顯性位點控制，在6號染色體的68396487 bp 69523478 bp的基因組區(qū)間內(nèi)發(fā)現(xiàn)了關(guān)聯(lián)區(qū)域。兩個簡單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記6F29R29和6F34R34與MRDD抗性位點緊密連鎖。本研究結(jié)果有助于進(jìn)一步了解玉米抗MRDD的遺傳規(guī)律，為玉米抗MRDD育種提供參考。

4、百合候選轉(zhuǎn)錄因子基因SSR標(biāo)記的探索與開發(fā)

 

發(fā)表雜志：Genes (Basel).   發(fā)表時間：2018-2-12     影響因子：3.59

百合是重要的經(jīng)濟(jì)園藝作物，因其花和球莖而被廣泛種植。本研究對百合轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了大規(guī)模的數(shù)據(jù)挖掘，以開發(fā)與轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的微衛(wèi)星標(biāo)記(TFSSRs)。在從相關(guān)序列數(shù)據(jù)中提取的216768個unigenes中，6966個具有簡單序列重復(fù)序列(SSRs)。71個SSRs與TF基因相關(guān)，這些SSRs被用于設(shè)計引物并驗證它們作為標(biāo)記物的潛力。這71個SSRs由31個轉(zhuǎn)錄因子家族獲得：包括bHLH、MYB、C2 H2、ERF、C3H、NAC、bZIP等。根據(jù)PIC值篩選出14個高度多態(tài)的SSRs，并對百合種質(zhì)資源的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究。與東方和亞洲種群相比，Longiflorum的遺傳多樣性較高。通過對百合種質(zhì)資源的結(jié)構(gòu)分析，將百合種質(zhì)資源劃分為3個亞群，并根據(jù)亞洲、東方和Longiflorum亞群，采用無根鄰接樹對百合種質(zhì)資源進(jìn)行有效分離。最后，本研究發(fā)現(xiàn)46個SSR相關(guān)基因?qū)ζ咸焰呔腥居胁町惐磉_(dá)。因此，本研究新開發(fā)的TFSSR標(biāo)記為百合的大規(guī)?；蚍中?、高密度和比較作圖、標(biāo)記輔助回交和分子多樣性分析提供了有力的工具。

5、大豆2號染色體上抗疫霉根腐病新位點RpsZS18的精細(xì)定位與鑒定

 

發(fā)表雜志：Front. Plant Sci.    發(fā)表時間：2018-1-30     影響因子：4.48

大豆疫霉根腐病(PRR)是由大豆疫霉引起的一種嚴(yán)重的世界性大豆病害。利用攜帶Rps抗性基因的大豆品種是控制該病最有效的策略。在大豆品種Zaoshu18的2號染色體上檢測到一個新的抗疫霉基因RpsZS18。本研究的目的是鑒定和精細(xì)地繪制RpsZS18。以Zaoshu18 (抗性)和Williams (感病)雜交產(chǎn)生的232個F2:3家系為作圖群體。用2號染色體上的簡單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記對RpsZS18進(jìn)行定位。首先，通過連鎖分析鑒定了12個與RpsZS18連鎖的SSR標(biāo)記，包括兩個新開發(fā)的SSR標(biāo)記ZCSSR33和ZCSSR46，它們分別位于基因兩側(cè)0.9和0.5 cM處。其次，根據(jù)兩親本間的序列差異，建立了基于PCR的InDel標(biāo)記，用于進(jìn)一步將RpsZS18的定位區(qū)域縮小到71.3 kb。第三，對14個大豆全基因組重排序基因型在RpsZS18區(qū)進(jìn)行了單倍型分析。在Zaoshu18中檢測到6個具有獨特單倍型序列的基因。最后，對這六個基因進(jìn)行定量實時PCR檢測，發(fā)現(xiàn)含有蛋白編碼基因(Glyma.02g245700)、pfkB碳水化合物激酶編碼基因(Glyma.02g245800 )和無功能注釋基因(Glyma.02g246300)為推測的候選PRR抗性基因。本研究為大豆抗大豆根腐病品種的選育提供了有益的信息。

6、利用基因組SSR標(biāo)記對鴨腳粟外來種質(zhì)資源的種群結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性分析

 

發(fā)表雜志：Gene.    發(fā)表時間：2018-2-8     影響因子：2.18

鴨腳粟是重要的小米之一，因其營養(yǎng)價值高而成為糧食安全作物。谷子復(fù)雜的四倍體基因組需要大量的信息豐富的功能性DNA標(biāo)記，以用于遺傳育種。然而，從谷子中表達(dá)的序列標(biāo)簽中開發(fā)出的簡單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記較少。在本研究中，從公開獲得的干旱相關(guān)EST中開發(fā)了56個新的基因SSR標(biāo)記。43個多態(tài)性標(biāo)記用于評價多態(tài)性，PIC值在0.41～0.79之間。結(jié)果表明，分析的基因型具有較高的遺傳多樣性，平均基因多樣性為0.176，Shannon's指數(shù)為0.315?；蛄髦禐?/span>0.7721，說明群體內(nèi)部存在較高的基因交換。采用算術(shù)平均和相鄰接樹圖的非加權(quán)成對分組方法產(chǎn)生三個主要聚類來區(qū)分基因型，PCA和PCoA分析也證實了這些結(jié)果。在分子變異分析中發(fā)現(xiàn)群體內(nèi)遺傳多樣性較高(77%)。基于貝葉斯模型的聚類分析證明了來自不同地理來源的基因庫之間的高度混合。基于群體的聚類分析指出了一種強(qiáng)有力的“距離隔離”模式。總體而言，這些結(jié)果顯示出顯著高水平的多態(tài)性、足夠的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)，這擴(kuò)大了現(xiàn)代遺傳資源及其在遺傳學(xué)和基因組學(xué)的各種應(yīng)用中的用途，包括關(guān)聯(lián)作圖和育種。

7、基于SSR的陸地棉纖維品質(zhì)的八向雜交MAGIC種群關(guān)聯(lián)圖

 

發(fā)表雜志：Mol Genet Genomics.    發(fā)表時間：2018-2-1     影響因子：2.5

纖維品質(zhì)在陸地棉產(chǎn)業(yè)中占有重要地位。纖維品質(zhì)性狀作為一種復(fù)雜的數(shù)量性狀，在遺傳水平上值得研究。為了研究纖維品質(zhì)性狀的遺傳結(jié)構(gòu)，本文利用8個親本的960個品系組成的多親代間雜交(MAGIC)群體進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析。從3個地點的5個環(huán)境中收集了6個主要纖維性狀的可靠表型數(shù)據(jù)。表型分析表明，MAGIC株系的變異幅度和變異系數(shù)均大于父母本。從高密度遺傳圖譜中篩選出8個親本共284個多態(tài)性SSR標(biāo)記，對MAGIC群體進(jìn)行基因型分析。MAGIC群體遺傳變異豐富，連鎖不平衡( LD )衰減快( 0.76 cM )，說明QTL的開發(fā)具有高效的優(yōu)勢。通過混合線性模型的關(guān)聯(lián)作圖確定了與六個纖維品質(zhì)性狀相關(guān)的52個顯著位點；其中14個定位在報道的具有纖維相關(guān)或其他農(nóng)藝性狀的QTL區(qū)域。9個標(biāo)記顯示為控制兩個以上纖維性狀的多效性標(biāo)記。此外，兩個SSR標(biāo)記BNL1231和BNL3452被鑒定為具有多性狀的熱點。此外，本研究還提供了候選區(qū)域，并根據(jù)LD衰變距離篩選出6個候選基因。本研究結(jié)果為進(jìn)一步的遺傳定位提供了有價值的QTL，有助于棉花纖維品質(zhì)的分子標(biāo)記育種。

 

8、馬鈴薯品種高效鑒定的四核苷酸核心基序SSR標(biāo)記

 

發(fā)表雜志：Breed Sci.    發(fā)表時間：2017-12     影響因子：1.53

簡單序列重復(fù)(SSR)是一種流行的個體指紋識別工具。長核心基序(例如四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸)簡單序列重復(fù)(SSRs)是首選的標(biāo)記，因為它們使分離和區(qū)分相鄰等位基因更容易。本文報道了馬鈴薯中8個新的四核苷酸SSRs。利用這8個標(biāo)記，從日本和美國獲得的76個品種中有72個被明確區(qū)分，而兩對來自自然變異的品種表現(xiàn)出相同的特征。8個SSR標(biāo)記的兩個隨機(jī)品種間的聯(lián)合同一性概率估計為1.10×10^-8，證實了所提出的SSR標(biāo)記用于馬鈴薯指紋圖譜分析的有效性。

   

 

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