2018年乳腺癌--分子遺傳學(xué)領(lǐng)域最新研究進(jìn)展一覽

發(fā)稿時(shí)間：2018-05-25來(lái)源：天昊生物

 

近日，小編閑來(lái)無(wú)事，以cancer和sequencing為關(guān)鍵詞在PubMed上搜索發(fā)現(xiàn)乳腺癌（breast cancer）相關(guān)的以測(cè)序?yàn)橹饕獌?nèi)容的文章自2018年以來(lái)出現(xiàn)地更多，下邊就由小編隨文章影響因子排序挑選部分研究簡(jiǎn)單介紹下吧…（文章后附有天昊相應(yīng)的技術(shù)服務(wù)）

 

1. Transcriptional profiles of different states of cancer stem cells in triple- negative breast cancer, Molecular Cancer, 2018.2, IF: 6.204

關(guān)鍵詞：三陰乳腺癌，癌癥干細(xì)胞，全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

乳腺癌干細(xì)胞（BCSC）被認(rèn)為是腫瘤初發(fā)、轉(zhuǎn)移和復(fù)發(fā)的重要原因，通過(guò)分離BCSC能夠篩選諸如ALDH⁺或CD24^-CD44⁺的標(biāo)志物。事實(shí)上，同時(shí)表達(dá)這些標(biāo)志物的細(xì)胞其腫瘤發(fā)生和侵襲的能力最強(qiáng)。表達(dá)某一種BCSC標(biāo)志物的細(xì)胞其轉(zhuǎn)錄組表征相關(guān)的研究已有出現(xiàn)，但是同時(shí)表達(dá)這些標(biāo)志物，具有最強(qiáng)致瘤性的BCSC的轉(zhuǎn)錄組研究還未曾出現(xiàn)。

因此這項(xiàng)研究結(jié)合這兩類(lèi)標(biāo)志物的表達(dá)將三陰性乳腺癌患者來(lái)源的BCSC分成四類(lèi)，利用全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序系統(tǒng)地比較三組的表達(dá)特征，以ALDH^-和non- CD24^-CD44⁺為對(duì)照。特別是在ALDH⁺CD24^-CD44⁺組中發(fā)現(xiàn)了P4HA2, PTGR1和RAB40B潛在的診斷標(biāo)志物，這些標(biāo)志物與BCSC的狀態(tài)及三陰乳腺癌細(xì)胞的腫瘤生長(zhǎng)相關(guān)。

 

天昊生物 全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)參數(shù)（參考）

 

 

[1] Liu M, Liu Y, Deng L, Wang D, He X, et al. (2018) Transcriptional profiles of different states of cancer stem cells in triple-negative breast cancer. Mol Cancer 17: 65.

 

2. Exome sequencing and case-control analyses identify RCC1 as a candidate breast cancer susceptibility gene, International Journal of Cancer, 2018.6, IF: 6.513

關(guān)鍵詞：全外顯子測(cè)序，家系

乳腺癌作為一種遺傳性疾病，但是已知的基因只能解釋很少的一部分案例。為了解釋突尼斯人群體中乳腺癌的分子機(jī)制，這項(xiàng)研究對(duì)6例BRCA1/BRCA2突變陰性的家族性的乳腺癌患者進(jìn)行了全外顯子測(cè)序。

結(jié)果在患者germline DNA樣本中發(fā)現(xiàn)了一種新的移碼突變，RCC1。隨后大樣本驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)在153例患者中的5例也出現(xiàn)了19 bp的缺失（3%, p = 0.0015），而400例對(duì)照樣本中并未出現(xiàn)。這種缺失主要集中在具有乳腺癌家族史的患者中（4%, p = 0.0009）。突變攜帶者中4/6出現(xiàn)了等位基因的缺失，這說(shuō)明RCC1的異?？赡茉谀[瘤進(jìn)展過(guò)程中帶來(lái)不利的影響。因此RCC1可能是突尼斯人群體中乳腺癌的一個(gè)易感基因。

 

天昊生物 腫瘤組織和cfDNA全外顯子捕獲測(cè)序鏈接

 

http:// www.geneskybiotech.com/service/cancer-wes/

 

[2] Riahi A, Radmanesh H, Schurmann P, Bogdanova N, Geffers R, et al. (2018) Exome sequencing and case-control analyses identify RCC1 as a candidate breast cancer susceptibility gene. Int J Cancer 142: 2512-2517.

 

3. DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer, Theranostics, 2018.3, IF: 8.712

關(guān)鍵詞：甲基化，450k芯片，貝伐單抗

乳腺癌中有關(guān)預(yù)測(cè)貝伐單抗（Bevacizumab）治療反應(yīng)的標(biāo)志物從未出現(xiàn)，由于表觀(guān)遺傳學(xué)修飾能夠異常調(diào)控血管生成并且導(dǎo)致治療抗性，因此這項(xiàng)研究集中在DNA甲基化對(duì)貝伐單抗效率的影響。

首先利用450k芯片對(duì)36例HER2陰性轉(zhuǎn)移性乳腺癌患者的FFPE樣本進(jìn)行全基因組范圍內(nèi)甲基化表征，根據(jù)治療反應(yīng)在responders (R)和non-responders (NR)組間發(fā)現(xiàn)48個(gè)基因存在差異的甲基化位點(diǎn)（learning set階段, OR = 101, p < 0.0001）。然后在optimization set階段利用targeted bisulfite sequencing對(duì)48個(gè)基因的361CpG位點(diǎn)進(jìn)一步驗(yàn)證，篩選出9個(gè)基因的CpG位點(diǎn)能夠顯著區(qū)分learning set中的兩組（OR = 40, p < 0.001, AUC = 0.91）。進(jìn)一步縮小的3個(gè)基因的甲基化模型顯示R組有更長(zhǎng)的無(wú)進(jìn)展生存期（PFS），多變量分析顯示其能夠更好地區(qū)分R和NR組（如圖）。

 

天昊生物 多種甲基化技術(shù)手段滿(mǎn)足您的研究需求

	WBS	850K	MethylTarget?	一代測(cè)序/克隆測(cè)序
富集方法	-	芯片	多重PCR	PCR
目標(biāo)區(qū)域	全基因組水平	全基因組水平	目的區(qū)域水平	單點(diǎn)水平
測(cè)序平臺(tái)	Hiseq（2×150）		Hiseq（2×150）	ABI3730
數(shù)據(jù)量/樣本	90G		-
平均測(cè)序深度	20×		1000×
數(shù)據(jù)分析類(lèi)型	定量	定量	定量	定性/定量

 

[3] Gampenrieder SP, Rinnerthaler G, Hackl H, Pulverer W, Weinhaeusel A, et al. (2018) DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer. Theranostics 8: 2278-2288.

 

4. Comprehensive mutation and copy number profiling in archived circulating breast cancer tumor cells documents heterogeneous resistance mechanisms, Cancer Research, 2018.2, IF: 9.122

關(guān)鍵詞：CTC，單細(xì)胞測(cè)序，全外顯子測(cè)序，拷貝數(shù)變異（CNA）

尋找藥物抗性的原因在癌癥相關(guān)研究中是一項(xiàng)巨大挑戰(zhàn)，而癌癥抗性機(jī)制相關(guān)的異質(zhì)性的程度尚不清楚。這項(xiàng)研究借助二代測(cè)序技術(shù)分析晚期癌癥患者的循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC），以探尋靶向治療抗性的機(jī)制。

通過(guò)比較CTC和轉(zhuǎn)移性組織的基因組特征發(fā)現(xiàn)85%的一致性，即至少存在一個(gè)或更多的體細(xì)胞突變和CNA，兩者之間也存在不一致的genomic alterations。CTC分析也發(fā)現(xiàn)了多種激素治療抗性的分子機(jī)制，包括個(gè)體CTC的雜合性缺失。CTC基因組和組織基因組信息能夠很好的互補(bǔ)，精準(zhǔn)的聯(lián)合治療可能對(duì)晚期乳腺癌患者的靶向治療更加有效。

天昊生物 最全的拷貝數(shù)變異檢測(cè)技術(shù)

qPCR相對(duì)拷貝數(shù)檢測(cè)	qPCR絕對(duì)拷貝數(shù)檢測(cè)
MLPA試劑盒檢測(cè)	Accucopy?多重DNA拷貝數(shù)檢測(cè)技術(shù)
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低深度全基因組測(cè)序DNA拷貝數(shù)檢測(cè)技術(shù)

 

天昊客戶(hù)最新的CNV高分paper來(lái)襲！----近日，天昊生物CNVplex^?高通量DNA拷貝數(shù)檢測(cè)技術(shù)助力蛋白質(zhì)組學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室周鋼橋教授和賀福初院士課題組，在著名胃腸病學(xué)雜志Gastroenterology(IF:18.392)上發(fā)表了“Germline Duplication of SNORA18L5 Increases Risk for HBV-related Hepatocellular Carcinoma by Altering Localization of Ribosomal Proteins and Decreasing Levels of p53”。（小編后續(xù)會(huì)對(duì)這篇文章詳細(xì)解讀）

 

[4] Paoletti C, Cani AK, Larios JM, Hovelson DH, Aung K, et al. (2018) Comprehensive Mutation and Copy Number Profiling in Archived Circulating Breast Cancer Tumor Cells Documents Heterogeneous Resistance Mechanisms. Cancer Res 78: 1110-1122.

 

5. Identifying and Targeting Sporadic Oncogenic Genetic Aberrations in Mouse Models of Triple Negative Breast Cancer, Cancer Discovery, 2018.3, IF: 20.011

關(guān)鍵詞：全外顯子測(cè)序，RNA測(cè)序

三陰性乳腺癌（TNBC）在遺傳上通常表現(xiàn)出TP53的異常以及一些常見(jiàn)oncogene低頻的點(diǎn)突變，導(dǎo)致其靶向治療的困難。這項(xiàng)研究結(jié)合全外顯子測(cè)序和RNA測(cè)序在TNBC的小鼠模型中發(fā)現(xiàn)一些異常的體細(xì)胞突變，這些突變或由Trp53單獨(dú)的缺失驅(qū)動(dòng)，或與Brca1一同缺失所驅(qū)動(dòng)。擴(kuò)增或者易位分別能夠?qū)е乱恍┠[瘤蛋白水平的上升或融合，而腫瘤抑制基因的移碼突變?cè)诮咏?/span>50%的腫瘤中被發(fā)現(xiàn)。研究還發(fā)現(xiàn)多數(shù)遺傳變異能夠激活MAPK/PI3K通路，更重要的是一些藥物能夠有效地針對(duì)體細(xì)胞變異的靶點(diǎn)實(shí)現(xiàn)對(duì)腫瘤的抑制。

 

天昊生物 mRNA測(cè)序鏈接

http://www.geneskybiotech.com/service/transcriptome-rna-seq/

 

[5] Liu H, Murphy CJ, Karreth FA, Emdal KB, White FM, et al. (2018) Identifying and Targeting Sporadic Oncogenic Genetic Aberrations in Mouse Models of Triple-Negative Breast Cancer. Cancer Discov 8: 354-369.

 

6. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers, Cancer Cell, 2018.4, IF: 27.407

關(guān)鍵詞：多組學(xué)，DNA，RNA，蛋白組，組織病理，婦科癌癥

這項(xiàng)研究對(duì)來(lái)源于TCGA的4種婦科癌癥及乳腺癌共2579例腫瘤樣本的分子數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析，其目的在于發(fā)現(xiàn)一些共享的或獨(dú)特的分子特征、臨床上重要的亞型及潛在的治療靶點(diǎn)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)了61個(gè)體細(xì)胞拷貝數(shù)變異（SCNA）和46個(gè)顯著突變的基因（SMG），其中11個(gè)SCNA和11個(gè)SMG并沒(méi)有在先前的TCGA研究中被發(fā)現(xiàn)。對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)了功能上重要的雌激素受體（ER）調(diào)控的lncRNA及gene/lncRNA相互作用網(wǎng)絡(luò)。通路分析發(fā)現(xiàn)了高白細(xì)胞浸潤(rùn)的亞型，存在免疫治療的可能，利用16個(gè)重要的分子特征發(fā)現(xiàn)了5個(gè)預(yù)后相關(guān)的亞型。

 

天昊生物 為您提供多組學(xué)分析方案（人基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀(guān)組等）

 

[6] Berger AC, Korkut A, Kanchi RS, Hegde AM, Lenoir W, et al. (2018) A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers. Cancer Cell 33: 690-705 e699.

 

7. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing, Cell, 2018.5, IF: 30.41

關(guān)鍵詞：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序（DNA/RNA），外顯子測(cè)序，化療抗性，clone進(jìn)化

三陰乳腺癌是一種極具侵略性的乳腺癌亞型，頻繁地表現(xiàn)出化療抗性。然而一個(gè)懸而未決的問(wèn)題是：化療抗性是由一些罕見(jiàn)的已存在的clone還是由一些新的基因組變異所引起？為了解決這個(gè)問(wèn)題，這項(xiàng)研究利用單細(xì)胞DNA和RNA測(cè)序以及組織樣本外顯子測(cè)序技術(shù)分析20例三陰乳腺癌患者在新輔助化療（NAC）治療期間的縱向樣本。深度外顯子測(cè)序發(fā)現(xiàn)10位患者NAC導(dǎo)致clone消失，而10位患者治療后clone一直存在。在8位患者中利用單細(xì)胞測(cè)序發(fā)現(xiàn)具有抗性的基因型是預(yù)先存在的，而且被NAC適應(yīng)性地選擇，而轉(zhuǎn)錄組特征是隨化療反應(yīng)后天改變的。

 

 

[7] Kim C, Gao R, Sei E, Brandt R, Hartman J, et al. (2018) Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing. Cell 173: 879-893 e813.