天昊客戶動植物葉綠體/線粒體測序文章發(fā)不停

發(fā)稿時間：2018-05-29來源：天昊生物

近期，天昊客戶在動植物葉綠體/線粒體測序領域持續(xù)發(fā)力，SCI文章不斷。僅以Springer出版社發(fā)行的生物遺傳多樣性保護領域SCI期刊--《Conservation Genetics Resources》這一種雜志為例，在短短的一年多時間里，用“Genesky”（“天昊”英文名稱）關鍵詞搜索到天昊客戶發(fā)表的文章就多達7篇，研究對象涉及落葉松、植物藥材烏頭、紅豆杉、高山馬先蒿、四葉紫菀、粗榧等。再結合過去幾年公司承接的同類項目百余項，客戶發(fā)表文章40多篇，累計影響因子60余分，這些成績的取得無不突顯了天昊生物在動植物葉綠體/線粒體測序項目中的技術及服務優(yōu)勢。

Springer出版社發(fā)行的《Conservation Genetics Resources》期刊網站首頁

天昊客戶近期在《Conservation Genetics Resources》上發(fā)表的動植物葉綠體測序文章列表

下面就以2018年3月最新發(fā)表的中國粗榧為例，跟小編一起看一看文章的基本研究內容。

文章題目：Characterization of the complete chloroplast genome of Cephalotaxus sinensis (Cupressales: Taxaceae), an endangered Tertiary relict tree endemic to China

中國第三紀特有孑遺種粗榧完整葉綠體基因組特性研究

研究背景:

粗榧是第三紀瀕危地方性殘留樹種, 具有較高的藥用價值。為了促進其保護遺傳學研究, 本文利用 Illumina 高通量測序技術，對其完整葉綠體基因組進行了組裝。

研究方法：

用DNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN,German) 從將粗榧鮮嫩葉片中提取基因組DNA，質檢初步合格后，送上海天昊生物有限公司進行高通量DNA測序。利用Illumina HiSeq 2500測序系統(tǒng)共產生了15.4 M 150-bp的raw reads，平均測序深度達到葉綠體基因組的214X，用CLC Genomics Workbench v9 (CLC Bio, Aarhus, Denmark)對數據進行質控，并MITObim v1.9軟件(https://github.com/chrishah/MITObim）對葉綠體基因組進行組裝，以Cephalotaxus oliveri (KC136217)的葉綠體基因組為參考基因組。利用Geneious R10軟件 (Biomatters Ltd., Auckland, New Zealand)對葉綠體基因組進行注釋，并利用OGDRAW軟件(http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de)繪制物理圖譜。系統(tǒng)進化樹利用MEGA6軟件(http://megasoftware.net)進行。

研究結果：

葉綠體基因組全長為135646 bp，具有不對稱的堿基組成 (32.5% A、17.6% C、17.5% G和 32.4% T)，共編碼了113個unique基因 (包括82蛋白質編碼基因、27個tRNA基因和4個rRNA基因)，其中trnQ-UUG具有基因組復制現象。此外，14個基因 (atpF、ndhA、ndhB、petB、petD、rpl2、rpl16、rpoC1、rps12、rps16、trnA-UGC、trnG-UCC、trnI-GAU和trnK-UUU) 具有一個內含子, 另一個基因 (ycf3) 有一對內含子。系統(tǒng)進化分析基本上支持了目前柏目（Cupressales）層次分類的順序, 揭示了粗榧與同源物種蓖子三尖杉的密切關系。

圖1、粗榧葉綠體基因組的物理圖譜。外圓外側顯示基因按照順時針方向轉錄，而外圓內側顯示基因按照逆時針方向轉錄。內圓中的淺虛線區(qū)域和深灰色區(qū)域分別表示基因組的A+T和G+C含量

圖2、基于葉綠體蛋白質編碼基因（protein-coding genes，PCGs）對Cupressales 38種植物的系統(tǒng)發(fā)育關系的NJ分析，分類單元為屬級水平

關于天昊

天昊生物具有豐富的動植物葉綠體、線粒體細胞器基因組和DNA條形碼檢測項目經驗，為客戶高效發(fā)表SCI文章提供技術保障，我們期待成為您細胞器基因組測序和DNA條形碼檢測的優(yōu)質服務合作伙伴。

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