終于等到你！SSRome，所有物種SSR標(biāo)記開發(fā)整合數(shù)據(jù)庫發(fā)布-蔡斌

發(fā)稿時間：2018-11-07來源：天昊生物

 

最近Nucleic Acids Research真是好文章不斷，在剛剛推出多篇NAR數(shù)據(jù)庫集錦微信文章（見文末鏈接）之后，今天終于又等來了SSR分子標(biāo)記研究領(lǐng)域非常重要和急需的SSRome數(shù)據(jù)庫的發(fā)布，小編今天迫不及待的再跟大家分享一下。

 

我們知道，SSR（簡單重復(fù)序列，或稱微衛(wèi)星）做為一種非常重要的分子遺傳標(biāo)記，長久以來面臨著涉及物種多、標(biāo)記位點(diǎn)散亂、SSR引物信息不全等諸多問題，這就使得很多老師在用類似我們的SSRseq^TM技術(shù)，對自己群體材料進(jìn)行SSR檢測之前，需要查閱大量文獻(xiàn)，或者分析多種組學(xué)數(shù)據(jù)，來尋找和挖掘后續(xù)驗(yàn)證的SSR標(biāo)記。SSRome就是這樣一個整合了所有物種SSR在線數(shù)據(jù)資源的專業(yè)SSR數(shù)據(jù)庫。有了它，我們的SSR尋找與開發(fā)過程將變得更加高效便捷。

 

 

 

網(wǎng)址：http://mggm-lab.easyomics.org/index.php

 

SSRome作為一個基于web的、用戶友好的、全面和動態(tài)的數(shù)據(jù)庫，提供了多種組學(xué)數(shù)據(jù)的分析管道，目前可以用于6533種生物的SSR標(biāo)記開發(fā)。在SSRome數(shù)據(jù)庫中，包含從NCBI中獲得的所有核基因組、線粒體和葉綠體基因組，以及表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）等所有分類系統(tǒng)中鑒定的1.58億個微衛(wèi)星基序。開發(fā)了4510萬個SSR標(biāo)記，并將其分類為編碼（基因）或非編碼（非基因）標(biāo)記，所有這些都是可以免費(fèi)下載。此外，SSRome還提供了三種用戶友好的工具來識別、分類和比較基因組或轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)的基序。用戶只需上傳自己的測序數(shù)據(jù)，便可方便的進(jìn)行在線交互式分析。

 

SSRome數(shù)據(jù)庫包括植物、后生動物、古細(xì)菌、細(xì)菌、病毒、真菌和原生動物相關(guān)基因組SSR信息

 

 

SSRome數(shù)據(jù)庫包括2018年3月之前所有NCBI已有物種EST、線粒體和葉綠體基因組SSR信息

SSRome數(shù)據(jù)分析與數(shù)據(jù)庫構(gòu)建

為了構(gòu)建SSRome核心數(shù)據(jù)庫，研究人員開發(fā)了一組“Perl和Shell”腳本，將所有分散的生物信息整合到一起，形成三條主要分析管道。這些管道用于構(gòu)建基因組、轉(zhuǎn)錄組和細(xì)胞器子數(shù)據(jù)庫。為了建立基因組和細(xì)胞器子數(shù)據(jù)庫，設(shè)計了六個主要步驟：(i)在基因組規(guī)模上挖掘SSR；(ii)根據(jù)基序位置將SSR分為基因型或非基因型；(iii)進(jìn)一步細(xì)分為唯一型和復(fù)合型SSR；(iv) SSR引物設(shè)計和標(biāo)記開發(fā)；(v)將開發(fā)的SSR標(biāo)記及其相關(guān)信息整合到SSRome數(shù)據(jù)庫中；(vi)將所有生成的數(shù)據(jù)集連接到SSRome web界面中。對于轉(zhuǎn)錄組子數(shù)據(jù)庫，除了將已識別的SSR分類為基因/非基因型之外，使用了相同的工作流程，具體如下圖所示。

 

 

SSRome數(shù)據(jù)庫開發(fā)的工作流程：基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析管道

 

 

SSRome數(shù)據(jù)庫界面介紹

SSRome數(shù)據(jù)庫提供了一個用戶友好的交互式web界面，具有多種功能來開發(fā)、搜索、下載和比較所有生物體中的SSR信息。SSRome網(wǎng)站提供了一個頂級導(dǎo)航欄，旨在幫助用戶以非常方便和快速的方式訪問SSRome數(shù)據(jù)庫和工具的不同部分。SSRome數(shù)據(jù)可以通過五個交互頁面訪問和檢索：主頁(SSRome-db快速訪問)、統(tǒng)計、下載、搜索和SSRome比較。在這五頁中，生物物種被分類分組，以便于選擇和探索。通過從主導(dǎo)航欄下拉菜單中進(jìn)行選擇，用戶可以瀏覽SSRome數(shù)據(jù)庫的任何部分。

 

SSRome數(shù)據(jù)庫網(wǎng)頁簡介：(A) SSRome主頁；(B) SSRome搜索頁，包括(1)詳細(xì)搜索頁面和(2)搜索結(jié)果示例；(C)信息下載頁；(D)比較頁和(E) SSRome工具頁，包括(1) SSRome基因組管道頁、(2) SSRome轉(zhuǎn)錄組管道頁和(3) SSRome比較分析管道頁。

 

 

 

在下載頁面中，用戶可以簡單的檢索每個生物體/基因組的所有可下載文件(單獨(dú)或批量)，包括基因型和非基因型SSR基序、SSR統(tǒng)計、單獨(dú)和復(fù)合的SSR信息和SSR引物等。

 

在SSRome的搜索頁面中，用戶可以根據(jù)自己的興趣信息，例如重復(fù)序列、基因符號、基因座標(biāo)簽或引物ID等進(jìn)行搜索，更可以獨(dú)立搜索每個生物體基因或非基因區(qū)域內(nèi)的微衛(wèi)星。同時，用戶可從下拉菜單中選擇感興趣的生物體和SSR重復(fù)類型(如“Tetra”)進(jìn)行搜索。搜索結(jié)果顯示以列表視圖展示，包含每個SSR基序/標(biāo)記的相關(guān)重要信息，例如引物ID、生物體名稱、NCBI登錄號、重復(fù)類型、重復(fù)序列、引物序列、引物退火溫度、基因組內(nèi)引物位置、產(chǎn)物長度、基因符號或基因座標(biāo)簽等。 .

 

 

 

往期文章鏈接：

 

想測SSR，想到創(chuàng)新技術(shù)—SSRseq

2017年《核酸研究》收集的分子生物學(xué)領(lǐng)域數(shù)據(jù)庫匯總

Nucleic Acids Research 10月最新數(shù)據(jù)庫集錦

兩個數(shù)據(jù)庫揭示泛癌種SNP-基因表達(dá)eQTL數(shù)據(jù)和SNP-甲基化meQTL數(shù)據(jù)

 

 

 

關(guān)于天昊：

天昊生物長期從事基因及遺傳分析，可以提供包括SSR檢測在內(nèi)的多項(xiàng)基因檢測服務(wù)。天昊生物自主研發(fā)的基于二代測序技術(shù)的SSR檢測新方法--SSRseq^TM，這種方法幾乎克服了現(xiàn)存所有電泳檢測方法的不足，尤其適合對多SSR位點(diǎn)、超高深度的分型，準(zhǔn)確度高，并且分辨率達(dá)到單堿基的水平。因此適合所有二倍體人類、動植物、真核微生物，以及多倍體物種的SSR基因型分析。歡迎聯(lián)系我們具體咨詢！郵箱：techsupport@geneskies.com 電話：400-065-6886