【科研小助手】BioJupies：基于云的RNA-seq數(shù)據(jù)分析交互式筆記本的自動(dòng)生成新方法

發(fā)稿時(shí)間：2018-11-27來源：天昊生物

                 

交互式筆記本可以使生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析更加透明、易于訪問和可重復(fù)使用。然而，創(chuàng)建筆記本需要計(jì)算機(jī)編程專業(yè)知識(shí)。最近的一項(xiàng)研究成果，提供了一個(gè)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，命名為BioJupies，它能夠自動(dòng)創(chuàng)建、存儲(chǔ)和開展包含RNA序列數(shù)據(jù)分析的Jupyter筆記本（一款開放源代碼的 Web 應(yīng)用程序）。

 

發(fā)表期刊：Cell Systems 發(fā)表時(shí)間：2018-11-14 影響因子：8.982

 

BioJupies通過直觀的界面，新手用戶可以快速生成定制的報(bào)告來分析和可視化他們自己的原始測(cè)序文件、他們的基因表達(dá)表，或者從超過5500份包含超過250000份預(yù)處理RNA-seq樣本的已發(fā)表研究中獲取數(shù)據(jù)。生成的筆記本有整個(gè)管線的可執(zhí)行代碼、豐富的文本、交互式數(shù)據(jù)可視化以及差異表達(dá)和富集分析。筆記本永久存儲(chǔ)在云中，并通過URL在線使用。筆記本是可下載的、可定制的，可以在Doker容器中運(yùn)行。通過為RNA序列數(shù)據(jù)分析提供直觀的筆記本生成用戶界面，從原始reads開始，一直到完整的交互式和可再現(xiàn)的報(bào)告，這些都使得BioJupies成為實(shí)驗(yàn)和計(jì)算生物學(xué)家的有用資源。

網(wǎng)址：https://amp.pharm.mssm.edu/biojupies/ 或 http://biojupies.cloud

 

 

BioJupies筆記本生成工作流的示意圖

用戶首先將RNA序列數(shù)據(jù)上傳到BioJupies網(wǎng)站上，或者從數(shù)以千計(jì)的公開數(shù)據(jù)集中進(jìn)行選擇。如果提供了原始FASTQ文件，則使用基于云的比對(duì)管線來對(duì)每個(gè)基因的表達(dá)水平進(jìn)行量化。用戶隨后選擇要用于分析數(shù)據(jù)的工具和參數(shù)。最后，服務(wù)器生成具有所需設(shè)置的Jupyter筆記本，并通過持久URL向用戶返回報(bào)告。

 

 

網(wǎng)站首頁(yè)

具體操作步驟：

1、上傳或獲取RNA序列數(shù)據(jù)

• 上傳你的原始或處理過的RNA-seq數(shù)據(jù)
• 獲取> 8000個(gè)公開發(fā)表在基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)中的RNA-seq數(shù)據(jù)集

2、選擇數(shù)據(jù)分析工具

• 可選擇多種最先進(jìn)的RNA-seq數(shù)據(jù)分析工具
• 將個(gè)人設(shè)計(jì)的計(jì)算工具作為插件

3、建立個(gè)人的筆記本

• 通過永久URL來訪問和共享個(gè)人結(jié)果
• 下載、重新運(yùn)行、并使用Doker定制個(gè)人筆記本

 

 

BioJupies中可用的RNA-seq數(shù)據(jù)分析插件列表

 

 

最初的BioJupies工具箱包括14個(gè)分析RNA序列數(shù)據(jù)的插件，分為四類，涵蓋所有常見RNA-seq分析項(xiàng)目。

 

 

 

補(bǔ)充視頻材料（需要翻墻）：

Supplementary Video 1. Uploading and aligning raw RNA-seq data using BioJupies.

https://www.youtube.com/watch?v=mZR02DCv8RE 

Supplementary Video 2. Generating a notebook using the BioJupies website.

https://www.youtube.com/watch?v=FpeGHhTm9Hg 

Supplementary Video 3. Exploring the contents of a BioJupies notebook.

https://www.youtube.com/watch?v=dApCOur2Bbo 

Supplementary Video 4. Generating a notebook using the BioJupies Chrome extension.

https://www.youtube.com/watch?v=164zkRKsC18

 

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關(guān)于天昊

天昊生物具有多年RNA-seq檢測(cè)與分析經(jīng)驗(yàn)，可以為用戶提供多物種、全方位、一站式轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析專業(yè)服務(wù)，期待成為您轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析的優(yōu)質(zhì)服務(wù)提供商！