一套R(shí)NA-Seq數(shù)據(jù)發(fā)兩篇文章，這篇5分文章可能被你漏掉了

發(fā)稿時(shí)間：2018-12-06來(lái)源：天昊生物

多年研究下來(lái)，老師們手里大都攢下了不少轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序數(shù)據(jù)。很多樣本mRNA表達(dá)差異一分析完，數(shù)據(jù)就丟在了一邊。其實(shí)在這些數(shù)據(jù)“廢渣”里，還藏著很多金子等待你去挖掘。今天就介紹兩篇典型的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文章，利用一套RNA-Seq數(shù)據(jù)，先后發(fā)表了兩篇3-5分文章。

研究者聚焦雞脂肪代謝的分子調(diào)控機(jī)制，重點(diǎn)探討了幼雞和產(chǎn)蛋雞之間肝臟組織轉(zhuǎn)錄組之間的差別。具體到一套RNA-Seq數(shù)據(jù)為：利用中國(guó)家養(yǎng)蛋雞的一個(gè)品系(盧氏青皮雞)，在同樣的籠子里飼養(yǎng)6只母雞，隨機(jī)選取3只幼雞（20周齡）和3只產(chǎn)蛋雞（30周齡），宰殺后取肝臟組織進(jìn)行后續(xù)RNA-Seq實(shí)驗(yàn)。研究者就是利用這2種發(fā)育階段的雞各3個(gè)重復(fù)，共6個(gè)樣本的RNA-Seq（polyA富集建庫(kù)）數(shù)據(jù)，先后發(fā)表了3.73分和5.104分的兩篇不錯(cuò)的文章。我們知道除了絕大多數(shù)mRNA具有polyA尾巴之外，很多lncRNA (長(zhǎng)鏈非編碼RNA)也具有polyA尾巴，因此polyA富集建庫(kù)的RNA-Seq數(shù)據(jù)中，會(huì)同時(shí)包含這兩類(lèi)RNA的信息。研究者充分利用這兩部分?jǐn)?shù)據(jù)，從不同RNA種類(lèi)出發(fā)：前一篇文章重點(diǎn)關(guān)注了mRNA的表達(dá)變化，后一篇文章則緊緊圍繞lncRNA的差別展開(kāi)。

第一篇文章是2015年發(fā)表在BMC Genomics上的文章，作者對(duì)RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行了常規(guī)的分析，包括對(duì)樣本測(cè)序深度、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量統(tǒng)計(jì)，比對(duì)reads在雞參考基因組上的分布情況，幼雞和產(chǎn)蛋雞表達(dá)量最多的前十種基因，可變剪接情況，以及GO和KEGG富集情況統(tǒng)計(jì)及分析。最終通過(guò)RNA-Seq分析，探討了幼年和產(chǎn)蛋雞肝臟表達(dá)譜的差異情況，分析出脂質(zhì)代謝相關(guān)基因和相關(guān)途徑，拓寬對(duì)雞肝臟脂質(zhì)代謝的了解。

可見(jiàn)看出，這篇文章的框架就是RNA-Seq的標(biāo)準(zhǔn)分析內(nèi)容。如果說(shuō)前幾年僅僅靠轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，分析一下mRNA的表達(dá)差異結(jié)果就能發(fā)篇不錯(cuò)的文章的話(huà)，那現(xiàn)在靠這種思路已經(jīng)越來(lái)越難了。但研究者又把目光投向了現(xiàn)在非?；鸬?/span>lncRNA上面，并且結(jié)合SNP分析，最終在2018年10月份，再次成功發(fā)表5分多的文章。

越來(lái)越多的證據(jù)表明，lncRNA在哺乳動(dòng)物肝臟脂質(zhì)代謝中起重要作用。之前沒(méi)有研究系統(tǒng)對(duì)蛋雞肝臟中潛在的lncRNA進(jìn)行篩選，也很少報(bào)道相關(guān)lncRNA對(duì)產(chǎn)蛋期雞的肝臟脂質(zhì)代謝影響，因此本研究通過(guò)轉(zhuǎn)錄組圖譜分析，并結(jié)合SNP結(jié)果，探討了雌激素誘導(dǎo)的與雞的脂質(zhì)代謝和胴體性狀相關(guān)的lncRNA情況。

研究者首先利用NONCODEV5和Ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)信息，再次對(duì)之前的RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行重新注釋?zhuān)@得已知和新的lncRNA信息。最終在幼年和產(chǎn)蛋雞肝臟中獲得44個(gè)顯著差異lncRNA，其中30個(gè)為已知的14個(gè)為新的，32個(gè)表達(dá)上調(diào)，12個(gè)表達(dá)下調(diào)。

之后，文章對(duì)lncRNA靶基因進(jìn)行了預(yù)測(cè)和注釋?zhuān)⑶疫M(jìn)行了GO和KEGG富集分析。文章還對(duì)差異表達(dá)的lncRNA和第一篇文章中分析出的差異mRNA進(jìn)行了聯(lián)合分析，并且利用miRanda軟件，對(duì)差異lncRNA的miRNA進(jìn)行了預(yù)測(cè)，最終構(gòu)建相互作用網(wǎng)絡(luò)。

接下來(lái)，文章對(duì)肝臟甘油三酯合成調(diào)節(jié)相關(guān)的一個(gè)lncRNA，即lncLTR (a lncRNA acting as a Liver Triglyceride synthesis Regulator)進(jìn)行了深入研究，并用qPCR驗(yàn)證了表達(dá)情況。

最后，本研究利用雞的一個(gè)F2代群體進(jìn)行了SNP與lncRNA的關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)lncLTR上的c242.G > A多態(tài)性與體重等性狀關(guān)聯(lián)，暗示了lncLTR中的SNP可能會(huì)影響甘油三酯合成和雞胴體性狀。