【昊工具】TCGA腫瘤數(shù)據(jù)庫表達-甲基化聯(lián)合挖掘神器又來了

發(fā)稿時間：2019-05-27來源：天昊生物

TCGA腫瘤數(shù)據(jù)庫的挖掘工具不斷推陳出新，最近小編又發(fā)現(xiàn)一個神器，好用又不失嚴謹和規(guī)范，快和小編一起來了解下吧！

數(shù)據(jù)庫名稱：Wanderer

數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://maplab.imppc.org/wanderer/

數(shù)據(jù)庫介紹：Wanderer是一個以基因為中心的交互式 web 查看器，可用于檢索基因在TCGA數(shù)據(jù)庫不同腫瘤類型中的DNA 甲基化和基因表達情況 （圖片可下載，可用于發(fā)表）。

參考文章：Díez-Villanueva, Anna, Mallona I , Peinado M A . Wanderer, an interactive viewer to explore DNA methylation and gene expression data in human cancer[J]. Epigenetics & Chromatin, 2015, 8(1):22.

示例：檢索PTEN基因在BRCA腫瘤中的甲基化和表達情況 （基因區(qū)域共65個甲基化探針）

• 不同位置探針甲基化水平的可視化

• 甲基化和表達量相關性的可視化

•  甲基化和基因表達按統(tǒng)一模式呈現(xiàn)（圖片來源于文章）