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【昊文章】天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測技術(shù)文章大揭秘

發(fā)稿時間:2019-07-25來源:天昊生物

對于DNA目的區(qū)域甲基化水平的檢測,目前市場上有各種技術(shù)平臺,但是各個技術(shù)有各自的技術(shù)痛點,要么成本高(目的區(qū)域液相芯片捕獲),要么不能準確定量研究(MSP/BSP),要么操作復(fù)雜(質(zhì)譜)、要么檢測片段短,無法獲得甲基化單倍型(焦磷酸測序,而天昊生物的目的區(qū)域富集甲基化測序MethylTargetR技術(shù)針對這些核心痛點,通過在技術(shù)策略及生信分析,不但創(chuàng)新性地解決了上述技術(shù)難題,還有更多應(yīng)有優(yōu)勢:

  •        性價比高傳統(tǒng)克隆測序一個片段10個克隆的價格,MethylTarget可以完成約60個片段的檢測(檢測深度為1000X,相當于1000個克?。?/b>
  •        精確度高基于二代測序數(shù)據(jù)檢測甲基化程度,精確到單堿基分辨率,與全基因組甲基化測序,RRBS數(shù)據(jù),甲基化芯片數(shù)據(jù)有高度一致性
  •         精確定量測序深度高達1000X,并可以進一步加深,相比于傳統(tǒng)克隆測序,可以對位點甲基化程度進行準確定量
  •         技術(shù)靈活基于多重PCR富集進行目標區(qū)域富集,可隨時進行基因和位點的變化和改動,并且可以獲得每個片段的甲基化單倍型 

MethylTargetR自服務(wù)市場以來,其準確性和性價比優(yōu)勢快速獲得了大量課題組的認可。優(yōu)秀的技術(shù)平臺結(jié)合課題組的專業(yè)研究思路,已經(jīng)快速轉(zhuǎn)化為一大波優(yōu)質(zhì)SCI文章,下面就為大家按領(lǐng)域分別介紹

1. 代謝疾病(大鼠模型)研究

Folate treatment of pregnant rat dams abolishes metabolic effects in female offspring induced by a paternal pre-conception unhealthy diet.

父方孕前不良飲食習(xí)慣對女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過程逆轉(zhuǎn)
單位:湖南師范大學(xué)醫(yī)學(xué)院李健老師課題組
時間:2018年5月18號
雜志:Diabetologia.
IF: 6.08


研究背景:

  • 母親孕前或孕期的生活方式可能對后代器官的功能或結(jié)構(gòu)造成永久性的影響和改變;
  • 近期研究發(fā)現(xiàn),父親在精子成熟期或孕前的營養(yǎng)情況也能對子代的器官功能造成永久性的影響;
  • 對于父方營養(yǎng)對子代造成的表觀遺傳學(xué)改變的機制尚無深入研究;

科學(xué)問題:雄性大鼠的高脂,高糖,高鹽飲食(模擬年輕男性的快餐飲食習(xí)慣)是否會引起子代的代謝表型變化?雌性大鼠孕期的葉酸治療是不是能夠逆轉(zhuǎn)這種代謝表型變化?

 

研究方法:

  • 大鼠組別設(shè)置:雄性大鼠的高脂-糖-鹽飲食;雌性孕鼠的葉酸飼喂為2個主要組別設(shè)置因素



 


  • 大鼠肝組織RNA測序;肝組織和胰腺組織目的基因RT-PCR
  • 整體和MethylTarget?技術(shù)檢測基因特異性DNA甲基化水平
  • 代謝能力和其它指標檢測

研究結(jié)果:

  • 對于父方高脂-糖-鹽飲食組,其雌性后代表現(xiàn)明顯的葡萄糖耐受損傷,可能是肝組織一些關(guān)鍵代謝基因表達異常的外在體現(xiàn);
  • 對于父方高脂-糖-鹽飲食組,其后代表現(xiàn)整體甲基化上升,但一些代謝核心基因的甲基化水平并無顯著變化(可能因為樣本量太小);
  • 雄性大鼠孕前不良飲食習(xí)慣對女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過程逆轉(zhuǎn)

研究意義和結(jié)論:

  •  該研究提示,母親孕期服用葉酸,可能能夠改善和治療父方孕前快餐飲食習(xí)慣對子代造成的表觀遺傳學(xué)不良影響。

2 全身性自身免疫病機制研究

Genome-wide DNA methylation analysis in systemic sclerosis reveals
hypomethylation of interferon-associated genes in CD4+ and CD8+ T cells

全基因組DNA甲基化研究發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)性硬化癥患者CD4+ CD8+ T細胞的干擾素相關(guān)基因表現(xiàn)低甲基化狀態(tài)

單位:上海復(fù)旦大學(xué)生科院王久存教授課題組

時間:2017-12-05

雜志:J Invest Dermatol. 

IF6.28

具體文章解讀請點擊鏈接:JID+Clinical Epigenetics|天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測技術(shù)再發(fā)兩文

3 腫瘤biomarker研究

Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based
biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)
靶向亞硫酸氫鹽測序鑒定了一組基于基因DNA甲基化程度的食管鱗狀細胞癌(ESCC)生物標志物

單位:上海復(fù)旦大學(xué)生科院王久存教授課題組

時間:2017-11-29

發(fā)表雜志:Clinical Epigenetics

IF=4.98

具體文章解讀請點擊鏈接:JID+Clinical Epigenetics|天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測技術(shù)再發(fā)兩文

4 缺血性腦卒中疾病研究

CDKN2B Methylation and Aortic Arch Calcification in Patients with Ischemic Stroke
缺血性腦卒中CDKN2B甲基化與主動脈弓鈣化研究

單位:南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院金陵醫(yī)院

時間:2017-6-1
發(fā)表雜志:J Atheroscler Thromb. 
IF=2.442

研究背景:

  •      多項GWAS研究提示Chr9p21與動脈粥樣硬化和動脈鈣化的發(fā)生顯著關(guān)聯(lián);
  •      Chr9p21區(qū)域僅轉(zhuǎn)錄一個非編碼的長鏈非編碼RNA---ANRIL
  •      ANRIL臨近2個基因,CDKN2ACDKN2B,均參與細胞周期調(diào)控;
  •      研究提示ANRIL可以募集表觀調(diào)控因子引發(fā)CDKN2A/2BDNA甲基化。

科學(xué)假設(shè):

  •      探討CDKN2A/2BDNA甲基化是否可能增加主動脈弓鈣化的發(fā)生風(fēng)險

研究方法:

  •      缺血性腦卒中患者322例,其中存在主動脈弓鈣化患者248例,無主動脈弓鈣化患者74例。MethylTarget目的區(qū)域甲基化檢測技術(shù)檢測患者血液樣本CDKN2A/2B啟動子區(qū)CpG島甲基化水平(36CpG位點)

研究結(jié)果:

動脈鈣化患者CDKN2B甲基化水平顯著高于不存在鈣化的缺血性腦卒中患者

CDKN2B甲基化水平與患者動脈鈣化指標對數(shù)轉(zhuǎn)換成正相關(guān)(矯正rs4977574的影響)

研究結(jié)論:

  •  CDKN2B高甲基化可能提示缺血性腦卒中患者有更高的動脈弓鈣化風(fēng)險

5 動物領(lǐng)域研究

Dietary betaine supplementation in hens modulates hypothalamic expression of cholesterol metabolic genes in F1 cockerels through modification of DNA methylation

母雞補充甜菜堿可以通過DNA甲基化修飾來調(diào)控F1代公雞下丘腦膽固醇代謝相關(guān)基因的表達

單位:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物健康與食品安全國際合作聯(lián)合實驗室

時間:20183

期刊名:Comparative Biochemistry and Physiology, Part B     

影響因子 1.757

具體文章解讀請點擊鏈接:天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測技術(shù)動物領(lǐng)域再發(fā)新文

6 動物領(lǐng)域研究

Dietary betaine supplementation increases adrenal expression of steroidogenic acute regulatory protein and yolk deposition of corticosterone in laying hens

補充甜菜堿促進蛋雞類固醇激素合成急性調(diào)節(jié)蛋白和卵黃沉積腎上腺皮質(zhì)酮的表達

單位:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物生理生化重點實驗室

時間:201712

期刊名:Poultry Science       

影響因子 1.908

具體文章解讀請點擊鏈接:天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測技術(shù)動物領(lǐng)域首發(fā)新文

作為國內(nèi)唯一提供基于二代測序平臺的目的區(qū)域甲基化檢測項目的科研服務(wù)公司,我們感謝客戶的信任和選擇。在過去的一年半中,MethylTarget?技術(shù)平臺已經(jīng)完成項目近150個,合作的單位包括復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)、中科院、浙江大學(xué)、南京醫(yī)科大學(xué)、三軍大、北京協(xié)和醫(yī)院、湘雅醫(yī)學(xué)院、南京農(nóng)大、安徽醫(yī)科大學(xué)、成都軍區(qū)總醫(yī)院、新疆醫(yī)科大學(xué)、中南大學(xué)等等單位。相信我們的MethylTarget?技術(shù)會有更多“昊文章”,敬請期待! 

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