【昊閱讀】外周血DNA甲基化風險分值，用于預(yù)測抑郁癥進展

發(fā)稿時間：2019-10-09來源：天昊生物

最新的Mol. Psychiatry期刊文章，探討外周血DNA甲基化指標如何解析精神疾病。

快來和小編一起讀讀吧~

英文題目：A methylation study of long-term depression risk.

中文題目：重度抑郁癥的一項甲基化研究

影響因子： 11.973

PMID：31501512

期刊年卷：Mol. Psychiatry 2019 Sep 09;

研究背景：

   ●   文章背景部分首先討論了外周血甲基化與重度抑郁癥（MDD）可能的關(guān)聯(lián)：1）雖然血液甲基化特征不太可能直接影響MDD，但血液提供了大腦的生物環(huán)境，可以間接提示

疾病過程；2）甲基化標記也是潛在的生物標志物，因為它們在采集的樣品中非常穩(wěn)定。因為外周血易于采集，因此，外周血甲基化特征也許可以用來開發(fā)MDD預(yù)測算法，最終用于改善治療。

研究方法：

   ●   樣本：581 MDD patients的基線外周血

   ●   表型：第6年患者表型（199例患者仍被診斷為MDD，其它患者疾病好轉(zhuǎn)）

   ●   甲基化檢測：MBDseq

   ●   甲基化風險分值計算：基于elastic nets（彈性網(wǎng)絡(luò)）方法，基于n個位點的甲基化值，為每個樣本計算一個風險分值。

研究結(jié)果：

   ●   甲基化水平與患者6年臨床結(jié)局關(guān)聯(lián)分析，沒有位點達到基因組顯著性水平。滿足P < 5 × 10?5的CpGs位點有2785個，涉及1146個基因。研究者基于這些基因進行了基因富集分析。

圖：全基因組甲基化差異分析的QQ圖和曼哈頓圖

   ●   甲基化風險分值（MRS）：通過不斷增加CpG數(shù)量，來觀察MRS對患者6年結(jié)局的預(yù)測能力（曲線下面積值AUC），作者最終選定75000個CpG納入MRS模型，因為后續(xù)繼續(xù)增加CpG位點，MRS進入平臺期（下圖A）。

   ●    與其他biomarker的預(yù)測能力對比：MRS預(yù)測疾病結(jié)局的AUC值為0.724（P = 2.0 × 10?16），高于其他biomarker的預(yù)測能力（例如CDL:臨床，人群指標和生活習(xí)慣指標；SNP；其他MDD biomarker）（下圖b）。MDS和CDL的組合，可以顯著改善模型的預(yù)測能力（下圖c）。

表1：臨床指標，生活習(xí)慣，各種biomarker與6年隨訪臨床結(jié)局的相關(guān)性

   ●    Top 甲基化組關(guān)聯(lián)研究的位點所集中的通路，與MDD的 GWAS 研究結(jié)果有重疊，并與 腦組織和血液eQTLS的區(qū)域有重疊。其中最相關(guān)的通路是壓力響應(yīng)和免疫細胞遷移和炎癥相關(guān)的信號機制。

研究結(jié)論：

血液中的甲基化模式可能為MDD的臨床發(fā)展結(jié)局提供一個有意義的臨床決策參考信息。