m6A純生信挖掘可以為基金申請加分

發(fā)稿時間：2019-09-30來源：天昊生物

2019年9月哈爾濱醫(yī)科大學生物信息科學與技術(shù)學院徐娟、李永生、張云鵬課題組在Molecular Cancer上以Letter形式發(fā)表了題為“Molecular characterization and clinical relevance of m6A regulators across 33 cancer types”的論文，主要基于TCGA數(shù)據(jù)庫分析了33個癌種中m6A調(diào)控因子（regulators）的分子特征和臨床相關(guān)性。

文章中總結(jié)了20個m6A的regulators，包括11個readers, 7個writers和2個erasers（圖1A-B），整合了TCGA數(shù)據(jù)庫33個癌種中這些regulators的體細胞突變（圖1C）、拷貝數(shù)變異（圖1D）和基因表達信息（圖1E-F）。同時也獲取了細胞系樣本的突變和表達數(shù)據(jù)，其中發(fā)現(xiàn)IGF2BP3的表達在15個癌種中顯著更高，在一些細胞系樣本中亦是如此。這些結(jié)果說明m6A的調(diào)控因子在不同的癌種確實存在異常的遺傳和表達上的變化。

圖1 泛癌種中m6A regulators異常的遺傳和表達信息

接下來為了研究m6A regulators參與癌癥的分子機制，研究人員分析了單個m6A regulators的表達和50個癌癥hallmark相關(guān)的通路活性之間的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)了m6A regulators的表達與多個通路的激活或者抑制相關(guān)（圖2A-B）。其中，YTHDF2, RBMX和RBM15與更多的激活通路相關(guān)，如PI3K-AKT-MTOR, G2M checkpoint和P53通路。不同的regulators與不同的癌癥通路變化相關(guān)，說明雖然在m6A調(diào)控功能上屬于同一種但是對于癌癥的影響可能是不同的。

圖2 m6A regulators與癌癥通路的激活或抑制相關(guān)

最后研究m6A regulators的臨床意義，發(fā)現(xiàn)所有的regulators至少與一個癌種的患者整體生存率相關(guān)（圖3A），有些表現(xiàn)出oncogenic特征，這些基因的高表達與更差的預后相關(guān)。IGF2BP3的高表達與13個癌種更差的預后相關(guān)（圖3B），另外收集的13個GEO數(shù)據(jù)包括7種組織液發(fā)現(xiàn)IGF2BP3與差的預后相關(guān)。這些結(jié)果均能說明IGF2BP3可能在不同癌種中表現(xiàn)為oncogene?；?span>m6A regulators整體的表達pattern，能夠很好地將腎癌區(qū)分成2個亞組，其中m6A regulators高表達組有更好的預后（圖3C-D）。

總結(jié)

這篇文章講的故事是泛癌種中m6A regulators的變異和預后，其實在此之前單一癌種中已經(jīng)有部分生信文章的發(fā)表：

1、如天津醫(yī)科大學總醫(yī)院和北京天壇醫(yī)院團隊合作研究膠質(zhì)瘤中m6A regulators對惡性進展和臨床預后的作用：

其中論文的第一作者柴睿超拿到了2019年青年科學基金：
m6A識別蛋白YTHDF2調(diào)控UBXN1/NF-κB信號軸參與惡性進展膠質(zhì)瘤化療抵抗的機制研究（北京市神經(jīng)外科研究所，青年）

2、如悉尼大學的團隊分析了急性髓性白血病中m6A regulators的遺傳變異和生存預后間的關(guān)系：

3、如北京大學第一醫(yī)院團隊研究腎透明細胞癌中m6A regulators的基因特征和預后價值：

因此其它癌種是否也可以做類似的深入地生信挖掘，再加上一些臨床樣本的驗證來作為您的研究基礎(chǔ)？另外也可以利用m6AVar數(shù)據(jù)庫（http://m6avar.renlab.org/）分析m6A修飾的相應基因SNP的數(shù)據(jù)，研究m6A-SNP的生物學機制和功能。

關(guān)于天昊

天昊生物具有多年基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀組等多組學檢測與分析的經(jīng)驗，m6A RNA甲基化作為表觀領(lǐng)域的一大熱點，天昊生物可為您提供m6A整體水平定量，結(jié)合RNA-seq和m6A MeRIP-seq挖掘潛在的受m6A調(diào)控酶影響的靶點，同時可對靶點進行MeRIP-qPCR驗證。生信團隊亦可提供個性化的數(shù)據(jù)庫挖掘與生信分析內(nèi)容。