【昊閱讀】別人的GWAS數(shù)據(jù)+m6AVar數(shù)據(jù)庫=4.5分?jǐn)?shù)據(jù)挖掘文章

發(fā)稿時間：2019-11-18來源：天昊生物

前段時間為大家介紹了2018年發(fā)表在NAR雜志上的m6AVar數(shù)據(jù)庫 （鏈接：【昊工具】m6AVar數(shù)據(jù)庫：又一個熱點，前沿的寶藏數(shù)據(jù)庫），我們提到這個數(shù)據(jù)庫收集了可能影響m6A修飾的基因組SNP信息，因此是研究m⁶A相關(guān)變異和疾病間的關(guān)系的一種有用資源。今天小編就來帶大家閱讀一篇生信挖掘文章，一起來看看作者是如何利用公開的GWAS數(shù)據(jù)和在線數(shù)據(jù)庫，闡述“m6A SNP---影響基因的m6A修飾---影響基因的表達---GWAS表現(xiàn)陽性信號”這一可能的遺傳學(xué)機制并輕松發(fā)表IF4+的文章的吧！文章題目：In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.影響因子：4.522 PMID：31245852期刊年卷：J. Cell. Physiol. 2019 Jun 27

研究背景

※牙周炎（PD）是一種常見的炎癥性疾病,目前已報道的PD相關(guān)位點多位于非蛋白編碼區(qū)，很難解釋其功能。

※影響RNA m6A修飾的一組SNP，可能是一類重要的功能基因組位點。

研究方法

※下載PD 

一個公開GWAS的統(tǒng)計數(shù)據(jù)（非基因型原始數(shù)據(jù)，而是是統(tǒng)計值數(shù)據(jù)，表型為牙齦溝液的interleukin (IL)‐1β表達水平）

※下載m6AVar數(shù)據(jù)庫的m6A相關(guān)SNP列表（http://m6avar.renlab.org）：包括13,703 個高度可信SNP位點 (miCLIP/PA‐m6A‐seq experiments), 54,222 個中度可信位點(MeRIP‐Seq experiments)和245,076個低可信度位點 (random genome prediction based on random forest algorithms)

※Haploreg數(shù)據(jù)庫查詢：HaploReg 數(shù)據(jù)庫 (http://archive.broadinstitute.org/mammals/

haploreg/haploreg.php) 除了可以注釋SNP，同時還收集了很多SNP的調(diào)控信息，其中包括來源于13個人類表達數(shù)量調(diào)控性狀位點研究的數(shù)據(jù)（包括多種組織和細胞系），這樣便可以查閱SNP是否有證據(jù)在某種組織或細胞中調(diào)控某個基因表達的調(diào)控作用。

※RegulomeDB數(shù)據(jù)庫查詢：RegulomeDB (http://regulome.stanford.edu/) 和HaploReg數(shù)據(jù)庫類似，為基因組SNP提供了大量的調(diào)控證據(jù)數(shù)據(jù)，可以查詢SNP 是否影響蛋白結(jié)合，改變motif或者影響DNase，從而闡述SNP可能的調(diào)控作用。※NCBI GEO數(shù)據(jù)庫：NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)收錄了很多公開的表達譜和測序數(shù)據(jù)，作者下載了牙齦組織基因表達相關(guān)的四個數(shù)據(jù)集。

研究結(jié)果

圖：研究流程圖和主要結(jié)果

※PD GWAS的陽性關(guān)聯(lián)SNP與m6Avar數(shù)據(jù)庫下載的m6A-SNP取交集，共獲得104個PD相關(guān)m6A-SNP

※在Haploreg數(shù)據(jù)庫查詢這些SNP是否為所在基因eQTL，結(jié)果發(fā)現(xiàn)65個位點顯示eQTL信號，同時，研究者注釋了最陽性的20個SNP的其它調(diào)控證據(jù)（下表）。

※針對這65個SNP，作者下載了GEO的牙齦表達數(shù)據(jù)，探究了這些SNP所在基因是不是在患者和對照中存在差異表達。最終，作者發(fā)現(xiàn)48個基因至少在一個數(shù)據(jù)中表達出差異表達，提示這些m6A SNP可能通過影響m6A修飾，進而影響基因的表達，最終參與了PD疾病的發(fā)生，從而在PD GWAS研究中表現(xiàn)出陽性信號。一個典型的PD相關(guān)位點rs2723183，與PD相關(guān)（P=3.93E-07）,同時調(diào)節(jié)IL37基因的的表達，并且IL37基因在3個數(shù)據(jù)集中的患者和對照牙齦組織存在差異表達。

研究結(jié)論

m6A-SNP可能通過調(diào)控基因的表達而參與PD疾病的發(fā)生發(fā)展。

通過這篇生信挖掘文章，至少有四個寶藏數(shù)據(jù)庫值得大家了解，說不定就可以讓你的研究事半功倍哦。

m6AVar數(shù)據(jù)庫：http://m6avar.renlab.org

Haploreg數(shù)據(jù)庫：http://archive.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php

RegulomeDB 數(shù)據(jù)庫：http://www.regulomedb.org/

NCBI GEO數(shù)據(jù)庫：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo