實(shí)驗(yàn)停了，發(fā)文章不能停--搭建一個(gè)SSR數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站，發(fā)篇3.793分文章

發(fā)稿時(shí)間：2020-04-01來(lái)源：天昊生物

疫情當(dāng)前，很多老師同學(xué)仍無(wú)法返校進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，科研產(chǎn)出受到不同程度影響。如何利用前期手頭數(shù)據(jù)及豐富的網(wǎng)絡(luò)資源，通過(guò)生信分析發(fā)表文章，不失為當(dāng)前的一種高效方法。

今年3月發(fā)表在《Database》雜志上的茶樹(shù)SSR數(shù)據(jù)庫(kù)文章，利用最近發(fā)表的茶樹(shù)基因組鑒定出大量SSR標(biāo)記。除了基因組序列外，研究者還從其他公開(kāi)獲得的序列如RNA-seq、GSS序列、ESTs和細(xì)胞器基因組(葉綠體和線粒體)中鑒定了SSR標(biāo)記，并結(jié)合已發(fā)表文獻(xiàn)，對(duì)一組經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的茶樹(shù)SSR標(biāo)記進(jìn)行了分類。最后研究者利用分析獲得的所有信息，開(kāi)發(fā)了一個(gè)茶樹(shù)SSR查詢數(shù)據(jù)庫(kù)--TeaMiD，它包含來(lái)自所有6種資源的SSR，包括3個(gè)茶樹(shù)核基因組和17種野生茶樹(shù)轉(zhuǎn)錄組序列等。

題目：TeaMiD: a comprehensive database of simple sequence repeat markers of tea

TeaMiD：一個(gè)茶樹(shù)簡(jiǎn)單序列重復(fù)（SSR）標(biāo)記的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)

發(fā)表期刊：Database (Oxford)

發(fā)表時(shí)間：2020-3-11

影響因子：3.793

TeaMiD網(wǎng)站首頁(yè)

TeaMiD網(wǎng)址：http://indianteagenome.in:8080/teamid/

茶樹(shù)是一種重要的木本植物，全世界大約種植有600種茶樹(shù)。過(guò)去已經(jīng)進(jìn)行了各種育種計(jì)劃來(lái)生產(chǎn)具有改良性狀的茶葉品種。與感興趣的性狀相關(guān)聯(lián)的如SSR等分子標(biāo)記的可用性有利于培育具有理想性狀的品種。然而在茶樹(shù)方面，雖然各種研究報(bào)告了SSR標(biāo)記的發(fā)展，但迄今為止，還沒(méi)有一個(gè)關(guān)于SSR標(biāo)記的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)可供茶樹(shù)育種者公開(kāi)使用。茶樹(shù)基因組資源的可用性以及強(qiáng)大的生信工具使我們能夠構(gòu)建并自由地向育種者提供茶樹(shù)SSR標(biāo)記的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。

在這項(xiàng)研究中，研究者從測(cè)序的茶樹(shù)細(xì)胞核和細(xì)胞器基因組，以及各種轉(zhuǎn)錄組資源中鑒定出總共935547個(gè)SSRs，選擇82個(gè)SSR用于茶基因型的驗(yàn)證。最后開(kāi)發(fā)了一個(gè)用戶友好的SSR數(shù)據(jù)庫(kù)TeaMiD。

實(shí)驗(yàn)方法及部分結(jié)果

本研究使用6個(gè)不同的數(shù)據(jù)來(lái)源，具體包括3個(gè)茶樹(shù)基因組數(shù)據(jù)、170個(gè)SRA中的RNA-seq數(shù)據(jù)、17種不同野生茶的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、EST及GSS等數(shù)據(jù)、已發(fā)表文獻(xiàn)中的茶SSR和15個(gè)葉綠體葉綠體基因組數(shù)據(jù)（見(jiàn)圖1）。

SSR的預(yù)測(cè)和引物設(shè)計(jì)使用的是開(kāi)源工具Krait進(jìn)行的。茶樹(shù)基因組潛在的多態(tài)性SSR使用CandiSSR工具分析。含有SSR的基因注釋使用BLASTx搜索，序列功能域注釋和KEGG通路分析使用Blast2Go工具進(jìn)行。數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)基于“三層”系統(tǒng)，即客戶端層、中間層和數(shù)據(jù)庫(kù)。PHP編程語(yǔ)言用于連接客戶層和數(shù)據(jù)庫(kù)，它是用phpMyAdmin設(shè)計(jì)的，客戶端層使用HTML、CSS和Bootstrap。