表達譜分析（二）通路富集分析和基因互作網(wǎng)絡圖繪制

發(fā)稿時間：2020-06-19來源：天昊生物

上一講，我們使用DESeq2對下載的GEO數(shù)據(jù)進行差異分析，可以獲取差異基因列表。那么，在得到差異基因后，我們還可以做哪些分析呢？接下來，小編帶著大家使用在線網(wǎng)址進行PPI網(wǎng)絡分析和基因富集分析（GO和KEGG富集），網(wǎng)址：https://string-db.org/ 

一獲取差異基因列表

打開上一節(jié)生成的Differential_Expression_Genes_Summary.csv文件，統(tǒng)計type類型中up和down的基因數(shù)為3157個，PPI string最多允許分析2000個基因，因此我們需要對數(shù)據(jù)進行下一步過濾，我們選擇過濾條件為 padj <0.05 ， 篩選到1245個基因。

提取基因名將篩選到的1245個基因復制到GSE132287_Gene-count-table.xls文件中的空白列，使用VLOOKUP函數(shù)獲取我們要返回的值，如下圖所示：P2單元格是我們待查找值，A:B是數(shù)據(jù)表，其中A列要包含待查找值，列序數(shù)是返回值所在的列數(shù)，匹配條件通常選擇精確匹配FALSE，可以簡寫為數(shù)字0 。整個函數(shù)的意思是：查找P2單元格在A列中所在的行，返回該行B列的值。
如下圖所示，通過vlookup函數(shù)，我們返回gene_name數(shù)目1245個，用于后續(xù)PPI網(wǎng)絡分析。

二PPI網(wǎng)絡分析

1. 初步分析

打開PPI網(wǎng)絡網(wǎng)址：https://string-db.org/ ，點擊Multiple proteins， 在List Of Names 方框內(nèi)粘貼1245個基因名，Organism 下拉菜單選擇human，點擊Search 開始分析。

連續(xù)點擊2個CONTINUE后，得到一個初步的網(wǎng)絡圖。

上面的圖看上去比較雜亂，我們可以通過圖片下方的一行菜單進行進一步的調(diào)整。

2. 富集分析結果過濾

點擊Analysis，查看分析結果。

下載kegg富集分析結果

下載結果打開，如下圖所示：

3、篩選感興趣的通路，重新做PPI分析

我們選擇P值最小的通路 hsa04668 ：TNF signaling pathway ，復制對應的G列的44個基因，使用Notepad++的替換功能，將'，' 替換成 'n'， 生成基因列表，用于PPI重新分析。

4、重新分析PPI網(wǎng)絡

導入44個基因，重新分析，分析完成后，看到在網(wǎng)頁上看到PPI網(wǎng)絡圖。

點擊Export，選擇文件和圖片下載。文件可以使用Cytoscape軟件繪制更專業(yè)的網(wǎng)絡互作圖。

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