【昊閱讀】人人都愛(ài)的不做實(shí)驗(yàn)發(fā)文章思路。別忘了結(jié)合自己的樣本驗(yàn)證，文章可以飛得更高哦！

發(fā)稿時(shí)間：2020-07-08來(lái)源：天昊生物

研究思路也給你安排上！

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SNP相關(guān)生信文章

Exploration and detection of potential regulatory variants in refractive error GWAS.影響因子：3.998PMID：27604318期刊年卷：Sci Rep 2016 09 08;6DOI：10.1038/srep33090 

總結(jié)：知道了這三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，SNAP (http://www.broad.mit.edu/mpg/snap)13, RegulomeDB (http://regulomedb.org)6 and HaploReg (http://compbio.mit.edu/HaploReg)，我和作者之間還有什么差距？？（相關(guān)鏈接：HaploReg數(shù)據(jù)庫(kù)14分鐘視頻教程：是時(shí)候讓網(wǎng)頁(yè)幫我挖掘下SNP的調(diào)控功能了）

In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.影響因子：4.522PMID：31245852期刊年卷：J. Cell. Physiol. 2020 Feb;235(2)

總結(jié)：只要是能下載一個(gè)疾病GWAS的統(tǒng)計(jì)總結(jié)數(shù)據(jù)，就能立馬乘風(fēng)破浪來(lái)篇這樣的文章！M6AVAR數(shù)據(jù)庫(kù)：（相關(guān)鏈接：【昊工具】m6AVar數(shù)據(jù)庫(kù)：又一個(gè)熱點(diǎn)，前沿的寶藏?cái)?shù)據(jù)庫(kù)）

02

m6A相關(guān)生信文章

Gene signatures and prognostic values of m6A regulators in clear cell renal cell carcinoma - a retrospective study using TCGA database.影響因子：4.831PMID：30877265期刊年卷：Aging (Albany NY) 2019 03 15;11(6)
1 、數(shù)據(jù)來(lái)源與分析目標(biāo)

2、  528名患者，發(fā)生點(diǎn)突變的少，發(fā)生CNV的多。m6A “reader” 基因YTHDC2 發(fā)生CNV的樣本最多 (55.11%, 291/528) ，其次是m6A  “reader” 和 “writer” 基因METTL3 (30.11%, 159/528)。

圖：528名患者突變譜圖（突變樣本少）和各基因CNV樣本的占比

3 、CNV與基因表達(dá)相關(guān)，拷貝數(shù)增加表現(xiàn)mRNA表達(dá)增加，拷貝數(shù)缺失表現(xiàn)為mRNA表達(dá)降低

4、 生存分析，提示部分調(diào)控基因CNV拷貝數(shù)缺失（YTHDC1、METTL14和METTL3）的患者有較差的預(yù)后。erasers功能基因的拷貝數(shù)增加、writers功能基因的拷貝數(shù)缺失與患者的不良預(yù)后相關(guān)。

5 、結(jié)合以上結(jié)果，提示METTL3基因的重要性。研究者對(duì)患者分組，選出METTL3高表達(dá)和METTL3低表達(dá)樣本，進(jìn)行基因組mRNA的差異分析。對(duì)獲得的差異基因進(jìn)行功能GSEA富集分析。結(jié)果提示METTL3的（缺失）低表達(dá)與多種重要的腫瘤生物學(xué)信號(hào)通路有關(guān)，主要為脂質(zhì)合成途徑、mTOR信號(hào)通路、異物代謝途徑和活性氧途徑。

總結(jié)：沒(méi)有挖過(guò)m6A調(diào)控基因CNV的腫瘤樣本，都值得一挖！

03

CeRNA相關(guān)生信文章

Comprehensive bioinformatics analysis of mRNA expression profiles and identification of a miRNA-mRNA network associated with lupus nephritis.影響因子：2.251PMID：32437257期刊年卷：Lupus 2020 Jul;29(8)

總結(jié)：GEO數(shù)據(jù)庫(kù)是個(gè)大寶藏!（相關(guān)鏈接：GEO挖掘操作學(xué)起來(lái)：如何對(duì)GEO數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析）