別愁文章啦！做個無參轉(zhuǎn)錄組測序+SSR標(biāo)記開發(fā)，發(fā)篇6分文章不香嗎？

發(fā)稿時間：2020-09-24來源：天昊生物

題目：Transcriptome landscaping for gene mining and SSR marker development in Coriander (Coriandrum sativum L.)

通過轉(zhuǎn)錄組測序?qū)据催M(jìn)行基因挖掘和SSR標(biāo)記開發(fā)

發(fā)表期刊：Genomics.  

發(fā)表時間：2020-5  

影響因子：6.205

芫荽(俗稱香菜，芫荽屬)，是一種芳香類草本植物，廣泛用作香料，具有很大的藥用價值。盡管具有很高的藥用和經(jīng)濟價值，但缺乏關(guān)于它的基因組相關(guān)信息以及基于表達(dá)序列的基因標(biāo)記。在這項研究中，作者對芫荽的種子、葉子和花的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序，并且進(jìn)行了基因挖掘和SSR標(biāo)記的開發(fā)及鑒定。結(jié)果共鑒定出包含相應(yīng)位點的9746個SSR，鑒定出最豐富的SSR類型是二核苷酸重復(fù)基序(45.5%)，其次是三核苷酸重復(fù)基序(34.6%)、四核苷酸重復(fù)基序(4.5%)、五核苷酸重復(fù)基序(1.5%)和六核苷酸重復(fù)基序(1%)。利用生物信息學(xué)方法共設(shè)計了3795對引物，其中隨機選擇了120個引物在印度栽培的14份芫荽材料中進(jìn)行實驗驗證。本研究提供了芫荽的初步轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和SSR分子標(biāo)記，可用于該物種將來的分子育種和遺傳多樣性評估。

將芫荽品種“Gujarat Coriander -2” (GC-2)種子播種后30、50和70天收集葉、花和種子樣品。收集的樣品通過浸入液氮立即冷凍，并在80℃保存待用。隨后提取RNA，反轉(zhuǎn)后用Poly (A)富集法建庫，進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。測序數(shù)據(jù)在進(jìn)行質(zhì)控和組裝之后，對unigene進(jìn)行功能和分類分析，之后利用MIcroSAtellite (MISA)工具進(jìn)行SSR標(biāo)記的識別鑒定，并用Primer 3.0進(jìn)行引物設(shè)計。最后挑選部分EST-SSR進(jìn)行驗證、多態(tài)性評估、聚類分析以及RT-qPCR驗證。

這是首次報道芫荽的轉(zhuǎn)錄組相關(guān)研究。在這項工作中，通過轉(zhuǎn)錄組測序鑒定的基因和開發(fā)的EST-SSR是對芫荽主要基因組資源的重要補充，并將使芫荽基因組的注釋成為可能。這也將有助于鑒定負(fù)責(zé)芫荽重要經(jīng)濟性狀的新基因，此外，本研究還成功設(shè)計了3795個位點的引物對，為進(jìn)一步研究提供了資源庫。利用部分有效引物對14份芫荽材料進(jìn)行了遺傳多樣性分析。本研究鑒定的SSR標(biāo)記將為芫荽遺傳多樣性分析、連鎖圖譜構(gòu)建和基因定位提供寶貴資源。

天昊生物具有豐富的無參轉(zhuǎn)錄組測序分析和SSR檢測經(jīng)驗，我們致力于為研究者提供“一站式”高質(zhì)量的科研策略咨詢、實驗技術(shù)服務(wù)和遺傳數(shù)據(jù)分析服務(wù)，期待成為大家科研工作中的“昊”助手與“昊”伙伴。歡迎聯(lián)系我們具體咨詢！

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